Młody detektyw James Gordon, oddelegowany do zwalczania przestępczości i przywrócenia Gotham City dawnej świetności, zostaje przydzielony do sprawy morderstwa pewnej znanej pary. Obiecuje wówczas zdruzgotanemu po stracie rodziców nastoletniemu synowi, Bruce’owi Wayne’owi, że odnajdzie mordercę. To nie tylko obowiązek, ale i obsesja, która będzie go drogo kosztować, i wciągnie do mrocznego, ekscytującego świata Gotham.
Profesor Strange jest wciąż na wolności, ale Fish robi wszystko, by go znaleźć. Tymczasem Gordon i dziennikarka, Valeria Vale, próbują dopaść samą Fish.
Gordon zgadza się pomóc Jervisowi Tetchowi, zwanemu Szalonym Kapelusznikiem, znaleźć jego zaginioną siostrę, Alice. Pingwin postanawia kandydować na burmistrza.
Niespodzianka przygotowana przez Szalonego Kapelusznika zapewnia Gordonowi wycieczkę w głąb psychodelicznej króliczej jamy. Pingwin ma problem z nowym związkiem Nygmy.
Barnes nie może dojść do siebie i pogrąża się w szaleństwie. Nygma czuje się zagubiony w swoim związku z Isabellą. Falcone urządza przyjęcie zaręczynowe dla Lee i Mario.
Wirus rozprzestrzenia się w Gotham, a ktoś włamuje się do laboratorium pracującego nad lekarstwem. Mario postanawia zająć się Gordonem jeszcze przed ślubem.
Gordon i Bullock dowiadują się, że ktoś planuje wskrzesić ich dawnego wroga. Matka Seliny wraca do Gotham, a Pingwin przygotowuje się do ważnego występu w telewizji.
Nygma prezentuje swoje alter ego - Pana Zagadkę - co oznacza, że Gotham zyskało kolejnego złoczyńcę. Na jaw wychodzą zatrważające informacje o śmierci ojca Gordona.
Atmosferę Gotham przenika chłód i strach. W mieście dochodzi do spotkania najgorszych złoczyńców, z Panem Mrozem na czele, którzy chcą ze sobą współpracować.
Śmiercionośny wirus zagrażający Gotham sprawia, że najbardziej szaleni złoczyńcy tego miasta łączą siły. Młody Bruce jest gotów zaakceptować swoje przeznaczenie.
Sytuacja w Gotham robi się coraz trudniejsza, ale poszukiwania antidotum trwają. Trójka złoczyńców zdradza swoje plany. Bruce stara się uwolnić z więzów przeszłości.