W roku U.C.0097 pojawia się zaginiony przed rokiem, eksperymentalny pancerz RX-0 Gundam 03 Phenex. Władze federacji chcąc go zdobyć zarządzają operację, w skład której wchodzą dawni towarzysze pilota Phenexa. Jak się szybko okazuje schwytanie pancerza nie będzie takie proste, zwłaszcza gdy chcą go zdobyć również władze Republiki Zeon.