Marta Pajek urodziła się w 1982 roku w Kielcach. Jest absolwentką ASP w Krakowie, gdzie specjalizowała się w filmie animowanym w pracowni Jerzego Kuci. W ramach stypendium odbyła również staż Turku Arts Academy w Finlandii, pod kierunkiem Priita Pärna.
Autorka krótkich filmów animowanych - „Po Jabłkach” (2004), „Za ścianą” (2005) oraz wielokrotnie nagradzanego filmu „Snępowina” (2011). Na Krakowskim Festiwalu Filmowym, Srebrnego Lajkonika dla najlepszego filmu animowanego w konkursie polskim otrzymała jej animacja „Figury Niemożliwe i inne historie II” (2016).
Mieszka i pracuje w Krakowie.