W kontynuacji przebojowego Madagaskaru powracają dobrze znani bohaterowie: lew Alex, zebra Marty, żyrafa Melman, hipopotamica Gloria, Król Julian, Maurice, pingwiny oraz szympansy. Oddalone o setki tysięcy mil od swojego domu w Nowym Jorku zwierzaki znajdują nieprawdopodobny sposób na powrót do nowojorskiego zoo: za pomocą zreperowanego przez pingwiny samolotu zamierzają opuścić dzikie zakątki Afryki. Tymczasem każdy z naszych ulubieńców po raz pierwszy spotyka innych przedstawicieli swojego gatunku, a Czarny Kontynent zaczyna się wydawać cudownym miejscem... Czy pokusa powrotu do wielkiego miasta okaże się silniejsza?