Próbując odkryć tożsamość podwójnego agenta działającego w szeregach CIA, specjalna grupa operacyjna IMF przeprowadza operację w Czechach. Niestety w jej trakcie wszyscy wpadają w pułapkę, z której żywy wychodzi tylko Ethan Hunt. Jako jedyny ocalały zostaje głównym podejrzanym. Chcąc oczyścić się z zarzutów i pomścić kolegów Ethan rozpoczyna śledztwo na własną rękę.