Wielka wyprawa Molly opowiada historię małej, wesołej i beztroskiej potworzycy, która spędza czas na zabawie ze swoim najlepszym przyjacielem Edisonem, mieszkając z rodzicami w kolorowym i zwariowanym Potworowie. Rodzina spodziewa się kolejnego dziecka i wszystkich ogarnia radosne zamieszanie, ponieważ jajo, które zniosła mama – Etna, wedle starego obyczaju powinno zostać wysiedziane przez tatę – Popo. Tradycyjnym miejscem wylęgu jest odległa Wyspa Jaj. Rodzice muszą tam wyruszyć, a czasu jest niewiele. Molly musi zostać w domu z wujkami Alfredo i Santiago, ponieważ jest za mała na tak daleką wyprawę. Tak twierdzą rodzice – Molly uważa inaczej. Gdy tylko wujkowie tracą ją z oczu, odważna bohaterka wyrusza wraz z Edisonem w długą i ekscytującą podróż: wśród Najdzikszych Wzgórz i głębokich dolin spotkają wiele pomocnych potworów i w końcu Molly odnajdzie Wyspę Jaj, swoich rodziców oraz swoje nowe miejsce w rodzinie – jako starsza siostra.