Samuraj Jack to samotny wojownik, którego życiowym celem jest zniszczenie Aku - istoty stanowiącej zło wcielone, dążącej do zniszczenia wszelkiego dobra i zapanowania nad światem. Jack posiada magiczny miecz - jedyną broń zdolną zranić Aku, a także jest mistrzem wschodnich sztuk walki. Niestety jego wróg przenosi samuraja w przyszłość, gdzie rządzi zło, okrucieństwo i chciwość. Jack robi więc wszystko, by wrócić do swoich czasów i zarazem ocalić świat...