Rasa Nietzchean zdradza Federację, największą organizację strzegącą pokój w galaktyce. Podczas walk Kapitan Straży, Dylan Hunt(Kevin Sorbo) na pokładzie Andromedy dostaje się w zasadzkę. Po opuszczeniu statku przez załogę sam próbuje odciągnąć wrogą flotę. Podczas ucieczki Andromeda wpada w czarną dziurę.
Po 300 latach zamrożenia z czarnej dziury wyciąga statek grupa pod przewodnictwem Beki Valentine (Lisa Ryder). Hunt, dla którego czas się zatrzymał, razem z nowo poznaną załogą postanawia odbudować Federację.