W 1980 roku Najwyższa Kwatera Główna Organizacji Obrony Przed Obcymi potajemnie broni Ziemi przed zagrożeniem ze strony wymierającej rasy pozaziemskiej, która w celu przetrwania musi pozyskiwać ludzkie organy.
W 1980 roku, po latach obserwacji UFO, oficjalnie rozpoczyna działalność nowa organizacja rządowa o nazwie S.H.A.D.O. (Supreme Headquarters Alien Defence Organisation) i dochodzi do pierwszego spotkania z UFO.
Kiedy Paul Foster, cywilny pilot doświadczalny, przypadkowo staje się świadkiem operacji S.H.A.D.O., staje przed wyborem, czy dołączyć do organizacji, czy zginąć.
Kiedy pilot myśliwca S.H.A.D.O., Regan, i jego żona Jean znajdują na drodze kota syjamskiego, wkrótce Regan nieświadomie zostaje poddany hipnotycznemu zaklęciu i zaczyna być kontrolowany przez kota będącego pod wpływem obcych.
Po zniszczeniu modułu księżycowego 32 Straker rozpoczyna kampanię mającą na celu usunięcie śmieci kosmicznych z orbity Ziemi, gdyż uważa, że są one wykorzystywane do maskowania złowrogiej aktywności obcych.
Kiedy syn Strakera zostaje ciężko ranny w wypadku drogowym, leki ratujące życie zostają przetransportowane z Ameryki samolotem transportowym S.H.A.D.O. Straker musi jednak podjąć niemożliwą decyzję, gdy samolot jest potrzebny do misji.
Po tym, jak UFO rozbija się o jego dom, zabijając jego żonę, mężczyzna z nadprzyrodzonymi zdolnościami paranormalnymi odkrywa istnienie S.H.A.D.O. i obwinia je o tragedię. Wykorzystując swoje zdolności paranormalne, John Croxley planuje zemstę, wciągając Strakera i Freemana w śmiertelną pułapkę.
Pułkownik Paul Foster i jego drugi pilot modułu księżycowego, kapitan Frank Craig, zostają zaatakowani przez UFO i schwytani przez kosmitów, którzy piorą im mózgi, zlecając im jedną misję, zabicie komandora Eda Strakera.
Podczas badania nowego rodzaju UFO, który może atakować pod wodą, grupa agentów S.H.A.D.O. pod dowództwem Strakera naraża się na niebezpieczeństwo, gdy ich statek, SkyDiver, zostaje zaatakowany przez podwodne UFO i nie może wypłynąć na powierzchnię.
Niszczyciel Royal Navy na Oceanie Atlantyckim zestrzeliwuje UFO, które miało ich zaatakować. Straker chce wiedzieć, dlaczego UFO zainteresowało się statkiem i jak udało mu się uniknąć wykrycia przez S.H.A.D.O.
S.H.A.D.O. znajduje się w samym środku morderczego trójkąta romantycznego, gdy mężatka, która romansuje z młodszym mężczyzną, przypadkowo zabija kosmitę zamiast swojego męża.
Straker zabezpiecza fundusze na potężną elektronową kamerę teleskopową, która, jak ma nadzieję S.H.A.D.O., umożliwi im śledzenie UFO aż do miejsca jego pochodzenia i zdobycie pierwszych fotograficznych dowodów na istnienie rodzinnej planety obcych.
Obcy przejmują kontrolę nad umysłami trzech zwykłych ludzi, dwóch mężczyzn i kobiety, i zamieniają ich w chodzące bomby zegarowe o nadludzkich mocach, aby zniszczyć trzy instalacje S.H.A.D.O., pod warunkiem że organizacja zaprzestanie działalności.
Po ataku UFO na bazę księżycową S.H.A.D.O., pułkownik Foster zostaje uwięziony z ocalałym kosmitą, który ratuje mu życie. Zmuszeni do niełatwego sojuszu, dwaj wrogowie muszą współpracować, aby przetrwać.
UFO w tajemniczy sposób ulega samozniszczeniu, a astronauta znajduje dziwny kamień z miejsca katastrofy, który wywołuje halucynacje u osób, które się z nim zetkną. Wkrótce kilku pracowników S.H.A.D.O., w tym Straker, zaczyna cierpieć na urojenia.
Kiedy Carol zostaje zastraszona przez tajemniczego mężczyznę, technik S.H.A.D.O., Paul Roper, daje się zaszantażować i zaplanować trasę lotu UFO, która umożliwi kosmitom niezauważone zbliżenie się do Bazy Księżycowej dzięki wykorzystaniu zakłóceń słonecznych.
Astronauta Craig Collins znika podczas ponownego wejścia w atmosferę Ziemi i zostaje uznany za zmarłego. Jednak po dwóch miesiącach nagle pojawia się na południowym Pacyfiku, niewiele pamiętając o katastrofie. Czy jednak nadal jest tym samym człowiekiem?
W bazie księżycowej S.H.A.D.O. dochodzi do niewyjaśnionych, śmiertelnych przerw w komunikacji. Paul Foster obwinia za to pobliską operację górniczą prowadzoną przez Dalotek Corporation, na czele której stoi Jane Carson, w której Foster wkrótce się zakochuje.
Komandor Straker i pułkownik Lake zostają uwięzieni w świecie, w którym wszyscy oprócz nich zostali zamrożeni w czasie. Para odnajduje rozmrożonego agenta S.H.A.D.O. o imieniu Turner, który współpracuje z kosmitami i potrafi manipulować czasem.
Pułkownik Paul Foster zostaje porwany przez kosmitów. Doświadcza wstrząsającego porwania i zostaje zmuszony do stania się jednym z kosmitów po umieszczeniu go w jednym z ich skafandrów.
Pułkownik Foster zostaje wrobiony w ujawnienie ściśle tajnych informacji S.H.A.D.O. i sprzedaż tajemnic, co skutkuje postawieniem go przed sądem wojskowym. Kiedy zostaje uznany za winnego i skazany na śmierć, Straker musi go oczyścić z zarzutów.
UFO niszczy myśliwiec przechwytujący S.H.A.D.O., zabijając pilota i przebijając się przez systemy obronne Bazy Księżycowej. Śledztwo ujawnia, że romans może komplikować operacje Bazy Księżycowej. Tymczasem agencja poluje na UFO, które rozbiło się w Kanadzie.
Straker wspomina rozpadające się małżeństwo z Mary dziesięć lat wcześniej, podkreślając ogromne napięcie, sekrety i obsesję na punkcie pracy, które zniszczyły jego życie osobiste.
Statek UFO rozbija się na wsi, a jego ranni piloci szukają odpowiednich ludzkich organów. Pułkownik Foster zostaje wysłany, aby zbadać teren i odkrywa, że Russ Stone, skoczek, który mieszka w pobliżu, został porwany przez kosmitów.
Agencja odkrywa podwodną bazę obcych, w której znajduje się kopuła zawierająca dokładną replikę siedziby S.H.A.D.O. i jej personelu. Jej zadaniem jest stworzenie dublerów kluczowych pracowników, takich jak Straker i Foster, w celu infiltracji obrony Ziemi.
Straker powierza pułkownikowi Freemanowi dowództwo nad S.H.A.D.O., aby osobiście zbadał sprawę Jo Fraser, reporterki podejrzanej o szantaż i stanowiącej zagrożenie dla bezpieczeństwa organizacji.
Młoda kobieta, Catherine Fraser, budzi się z 10-letniej śpiączki, co wznawia uśpione śledztwo w sprawie UFO, prowadzone przez Strakera. S.H.A.D.O. musi odkryć stłumione wspomnienia Fraser z dzieciństwa dotyczące spotkania z UFO, aby powstrzymać spisek bombowy kosmitów.