Tytułowa Tomie to pozornie zwykła dziewczynka, która właśnie rozpoczyna naukę w nowej szkole. Posiada ona jednak niesamowitą i potężną moc, dzięki której potrafi zawładnąć nad każdym. Wkrótce, w klasie owej uczennicy, dochodzi do coraz częstszych aktów przemocy. Rówieśnicy, chcąc pozbyć się zagrożenia, w bardzo drastyczny sposób zabijają Tomie. Lecz nawet pozorne odebranie życia nie jest w stanie jej powstrzymać…