Film opowiada o pewnej młodej dziewczynce o imieniu Koralina, która wraz z rodzicami przeprowadza się do starego, wiktoriańskiego domu. Pewnego dnia zwiedzając swoje nowe miejsce zamieszkania odkrywa sekretne drzwi prowadzące do innego świata. Ów świat jest lepszą wersją jej życia, wszystko w nim na pierwszy rzut oka wydaje się o wiele lepsze. Dziewczyna odnajduje alternatywną wersje swoich rodziców, którzy chcą, by została z nimi, zapewniając, że będzie przez nich bardzo kochana. Wszystko układa się dobrze do momentu, gdy jej „nowa” matka chce, by Koralina została na zawsze w tym świecie, kobieta także porywa i więzi jej prawdziwych rodziców. Dziewczynka postanawia ich uwolnić i uciec z tego strasznego miejsca…