Tylko na pozór miejsce akcji „Kannazuki no Miko” („Kapłanki przeklętych dni”) nie wydaje się być zbyt interesujące. Wioska Mahoroba oraz leżące nieopodal miasteczko to bardzo spokojne miejsca, idealne dla wszystkich szukających cichego, bezpiecznego życia. Jednak właśnie tutaj żyją ludzie, którzy mają związek z odwieczną klątwą ciążącą nad światem. We wzniesionej przez bogów Księżycowej Świątyni, uwięziony jest demon. Gdy świątynia z upływem czasu niszczeje, wydostaje się on na wolność, aby osiągnąć swój odwieczny cel - zniszczenie świata ludzi i stworzenie w jego miejscu nieskończonej otchłani. Jedyną nadzieją są dwie kapłanki Księżycowej Świątyni, bezustannie odradzające się w ciałach dwóch dziewcząt oraz będący ich przewodnikiem i nauczycielem kapłan z rodu Ōgami. Obecnymi inkarnacjami kapłanek są uczennice miejscowej szkoły, wesoła i roztrzepana Himeko Kurusugawa oraz spokojna i wytworna Chikane Himemiya. Dziewczęta żyją własnym życiem, nie mając pojęcia o roli, jaką przyjdzie im spełnić w walce o przyszłość świata.