200 lat po wydarzeniach przedstawionych w ORGUSS 1, dwa światowe mocarstwa Zafran i Revillia łamią kruchy rozejm i rozpoczynają ze sobą wojnę, podczas której używają pancerzy wspomaganych, zwanych Decimatorami. Młody mechanik Lean dołącza do armii Revilli i w trakcie jednej z misji poznaje tajemniczą Natarumę, która jest kluczem do odesłania wszystkich Decimatorów do innego świata.
Pracujący przy wyławianiu decimatorów Lean, wraz ze swoim przyjacielem, zabierają się wojskowym samolotem do domu. Podczas lotu zostają zaatakowani a chłopak musi się z nim zmierzyć w świeżo naprawionym decimatorze.
Lean trafia pod skrzydła Manninga i wraz z nim wyrusza na misję szpiegowską do kopalni decimatorów. Tuż przed wyjazdem stary król umiera a rządy w Revilli przejmuje jego córka.
Lean i Nataruma docierają do stolicy Revilli ale za dziewczynę zostaje wyznaczona nagroda. Gdy wpada ona w ręce władz Lean wyrusza jej na ratunek. Nieoczekiwanie, w ich ucieczce pomaga tajemniczy nieznajomy.
Gigantyczny decimator Zafran przełamuje kolejne linie obrony, zmierzając w stronę stolicy. W tym samym czasie spisek Kerachiego zostaje zdławiony, a na tron wstępuje jego prawowity następca. Lean i Nataruma trafiają do bazy nieznajomego, który okazuje się robotem i chce zabrać wszystkie decimatory z ich świata.
Perion przejmuje kontrolę nad ogromnym decimatorem, który jest bronią ostateczną, ale i narzędziem całkowitego zniszczenia. Lean i Nataruma nie mają innego wyjścia, jak stanąć z nim do nierównej walki.