W efekcie prac szalonego naukowca nad nowym rodzajem energii, rodzą się siostry obdarzone nadludzkimi zdolnościami. Nie chcąc być zabawką naukowca, jedna z nich ucieka, a druga wysłana zostaje za nią w pościg. Podczas ich walki dochodzi do przebudzenia pełni mocy dziewczynki, która przemienia się w tytułowego Genocyber'a. Od tej chwili Elaine gdy zostanie zaatakowana uwalnia potwora, który niszczy kolejne miasta, walczy z podobnymi sobie mutantami, a w końcu zapada w trans i budzi się w odległej przyszłości.