Nazwa magicznej uczelni – Niewidoczny Uniwersytet – jest nawiązaniem do Invisible College, szesnastowiecznej organizacji, której członków nazywano niewidzialnymi, ponieważ nie ośmielali się głosić swoich poglądów publicznie. Do Invisible College należeli naukowcy, filozofowie oraz alchemicy.
Zdjęcia do filmu nakręcono w pobliżu Parku Narodowego Redwoods (Guerneville, Kalifornia, USA) – w miejscu, w którym rosną najwyższe sekwoje na świecie.
Marion Cotillard została pierwotnie obsadzona do głównej roli, ale odpadła z powodu napiętego harmonogramu. Kiedy realizacja projektu rozpoczęła się we wrześniu 2012 roku, jej film Kości i rdza został wybrany do udziału w wielu festiwalach, więc musiała podróżować i promować go obok reżysera Jacquesa Audiarda. Aktorkę zastąpiła Bérénice Bejo.