W świecie pełnym strachu przed wrogimi mutantami rodzi się grupa ludzi o nadzwyczajnych, nieprawdopodobnych umiejętnościach. By mogli oni trenować i doskonalić swoje moce bez obaw o własne życie, profesor Xavier tworzy dla nich na terenie własnej posiadłości Szkołę Młodych Talentów. Od tej pory jako grupa X-Men muszą walczyć o swoje prawa z nadzieją, że uda im się uczynić świat bezpieczniejszym, a ludzie i mutanci wreszcie będą mogli żyć razem w zgodzie i harmonii. Jednak podczas gdy X-Men pod wodzą swojego mentora walczą o pokój, są też tacy, którzy starają się wyeliminować ludzką rasę, aby zrobić miejsce dla istot wyższych - mutantów. Od tej pory zacięta walka toczy się już nie tylko między dwoma gatunkami...
Jubilee zostaje zaatakowana przez Sentinele w miejscowym centrum handlowym. Dziewczynę ratują Storm, Rogue i Gambit, a następnie zabierają ją ze sobą do rezydencji. X-Meni odkrywają że ludzie pracujący w Centrum Badań Mutantów w rzeczywistości mają zamiar znaleźć i wyeliminować wszystkie mutanty.
Po zniszczeniu dokumentów mogących pomóc w znalezieniu mutantów X-Meni uciekają z Centrum. Podczas ucieczki Sentinelom udaje się schwytać Beasta, a Morph zostaje postrzelony i uznany za zmarłego. Jubilee decyduje się przyłączyć do X-Menów.
Do celi, w której więziony jest Beast, włamuje się mutant, który przedstawia się jako Magneto. Usiłuje on przekonać Beasta do ucieczki. Kiedy Hank się nie zgadza Magneto postanawia rozpocząć wojnę pomiędzy ludźmi i mutantami.
Z powodu pobytu Sabertootha w instytucie Wolverine postanawia opuścić rezydencję. Cyclop, Sztorm, Rogue i Profesor X ponownie stają do walki z Magnetem, podczas gdy w rezydencji Jubielee pilnuje Sabertootha.
Jean i Cyclops zostają schwytani przez grupę mutantów nazywającą się Morlokami. Ich przywódczyni - Callisto chce żeby Scott został ich królem i rządził u jej boku. Jean udaje się telepatycznie wezwać na pomoc pozostałych X-Menów.
X-Meni spierają się o to jakie stanowisko powinni zająć w sprawie Genoshy. Profesor X wysyła więc na wyspę Gambita, Storm i Jubilee żeby zbadali sprawę Genoshy u źródła. Tymczasem Wolverine leci do Kanady gdzie na jego drodze staje Sabretooth.
Okazuje się że Genosha jest obozem pracy, w którym mutanci wykonują niewolniczą pracę. Gambit, Storm i Jubilee zostają porwani i jako niewolnicy zaprowadzeni do pracy przy budowie tamy. X-meni usiłują uciec z wyspy, ale udaje się to tylko Gambitowi, natomiast Storm i Jubilee zostają ponownie schwytani.
Po powrocie do domu X-Meni zastają zniszczoną rezydencję. Wolverine, Storm, Rogue i Jubilee wyruszają na poszukiwanie osób odpowiedzialnych za atak. Jubilee wpada na mutanta który potrafi zamienić się w stal. Myśląc, że to on zniszczył instytut zaczyna go śledzić. Tymczasem Juggernaut napada na bank.
Dr Adler - jeden z lekarzy z Centrum Badań Mutantów na wyspie Muir ogłasza, że odnalazł lek mogący wyeliminować zmutowany gen. Rogue decyduje się na leczenie i wyrusza na wyspę. Tymczasem Apocalypse wraz z Mystique planują zagładę świata.
Po przejściu kuracji na wyspie Muir Angel zostaje jednym z czterech jeźdźców Apocalypsa. Wraz z pozostałymi jeźdźcami zaczyna niszczyć planetę. X-Meni wyruszają żeby ich powstrzymać. Tymczasem Mystique nakłania innych mutantów żeby poddali się leczeniu.
Rok 2055. Cały świat opanowany jest przez poszukujące mutantów Sentinele. Bishop - jeden z mutantów ściganych przez roboty, przenosi się w czasie. Ma zamiar powstrzymać jednego z członków X-Men przed popełnieniem morderstwa, które ma zmienić los świata.
Bishop strzela do Gambita, w ostatniej chwili ratuje go Rogue. X-Meni mówią gościowi z przyszłości, że nie wierzą w to, że Remy jest zamachowcem. Tymczasem Mystique i jej Bractwo Złych Mutantów przygotowują się do zamachu na senatora Kellyego.
Magneto porywa senatora Kellyego. Ma zamiar go zabić, żeby w ten sposób doprowadzić do wojny pomiędzy ludźmi i mutantami. X-meni wyruszają w pościg za Magnetem. Tymczasem Cyclops i Jean Grey zaręczają się.
Trwa ślub Jean Grey i Cyclopsa. Mister Sinister poddaje Morpha praniu mózgu, a następnie wysyła go do Nowego Jorku, gdzie Kevin zaczyna eliminować X-Menów jednego po drugim. Tymczasem Graydon Creed wprowadza w życie swój projekt eksterminacji mutantów.
Udający Magneta Morph zwabia Profesora X na Antarktykę. Mister Sinister porywa Cyclops i Jean. X-Meni wyruszają w pościg za Sinisterem. Tymczasem Profesor X wraz z Magnetem zostają zasypani pod lawiną.
W szeregi X-Menów powraca Storm. Tymczasem coś dziwnego zaczyna się dziać w Afryce. Storm i Rogue wyruszają do Afryki żeby zbadać sprawę. W tym samym czasie pozostali X-Meni szukają Profesora X. Charles i Magneto trafiają do Dzikiej doliny.
Profesor X i Magneto zostają zaatakowani przez dinozaury. Jubilee wraz z Colossususem łapią złodziei, którzy obrabowali sklep. Tymczasem w Rosji trzej skorumpowani generałowie przywracają do życia Omegę Reda.
Jean Grey nadal szuka Profesora X. Tymczasem Vindicator wraz z pozostałymi członkami Alpha Flight chwytają Wolverine'a. Chcą żeby wyjawił im sekret swojego szkieletu z adamantium. Vindicator postanawia przeprowadzić eksperymenty na Loganie.
Bobby - brat Gambita oraz członek gildii złodziei zostaje porwany. Remy wyrusza do Nowego Orleanu żeby odnaleźć brata. Bella Donna - członkini gildii zabójców wykorzystuje zniknięcie Biobbyego żeby zwabić Gambita i zmusić go do małżeństwa. Chce także doprowadzić do walki pomiędzy X-Ternalsami i gildią złodziei.
New Jork rok 3999. Cable odkrywa, że rzeczywistość którą znał nagle się zmieniła. Używając swojego wehikułu czasu odkrywa, że w 2055 roku Bishop przeniósł się w czasie żeby powstrzymać epidemię rozpoczętą przez Apocalypse'a. Ponieważ wirus Apocalypse'a nigdy nie został uwolniony w czasach Cablea nieodporni na niego mutanci zaczynają umierać.
Cable cofa się w czasie żeby powstrzymać Bishopa i ocalić przyszłość. Zostaje jednak pokonany przez Bishopa oraz towarzyszących mu X-Menów. Cable ucieka i po sprawdzeniu wiadomości o X-Menach odkrywa, że dzięki mocy Wolverinea mógłby stworzyć antyciała, które uleczyłyby mutantów z jego czasów.
Rogue odwiedza swoją przybrana matka Mystique. Odwiedziny matki sprawiają, że dziewczyna zaczyna przypominać sobie przeszłość. Rogue przypomina sobie swoją walkę z Marvel, w wyniku której przejęła moc i wspomnienia Carol.
Beast zakochuje się w swojej niewidomej pacjentce - Carly. Wkrótce zostaje ona porwana przez organizację o nazwie Przyjaciele Ludzkości. Wolverine włamuje się do siedziby organizacji i informuje jej członków, ze ich przywódca Graydon Creed jest synem Sabertootha.
Kosmita Mojo porywa X-Menów, żeby obsadzić ich w swoim najnowszym międzygalaktycznym programie telewizyjnym. Mają oni na antenie walczyć ze sobą jako gladiatorzy. Longshot - jeden z aktorów Moja zdradza go i uwalnia X-Menów. Tymczasem w Dzikiej Dolinie Xavier i Magneto są świadkami porwania Shanny przez Saurona.
Xavier i Magneto zostają schwytani przez Mistera Sinistera, który chce ich wykorzystać jako przynętę mającą zwabić X-Menów do Dzikiej Doliny. Kiedy X-Meni zjawiają się w dolinie Sinisterowi udaje się ich uwięzić. Chce on wykorzystać ich DNA do stworzenia niezwyciężonej armii.
Mister Sinister przy pomocy swoich maszyn neutralizuje moce X-Menów. Wolverineowi udaje się uciec. Po pewnym czasie spotyka jednego z tubylców - Ka-Zara. Wraz z nim wyrusza do cytadeli żeby uwolnić pozostałych X-Menów oraz Shannę, narzeczoną Ka-Zara.
W mieście pojawia się Yuriko, była dziewczyna Wolverine'a, która zwabia go do tuneli Morloków. Do tuneli schodzą także śledzący go Gambit i Jubilee. Okazuje się, że Yuriko chce żeby Logan pomógł jej odnaleźć statek kosmiczny który podobno rozbił się w kanałach.
Yuriko, Wolverine, Gambit i Jubilee odnajdują leżący w kanałach statek kosmiczny. Okazuje się, że nie jest to zwyczajny pojazd, lecz więzienie, w którym przebywa Spirit Drinker, który po opuszczeniu swojej celi wysysa życie z Jubilee.
Erik Czerwony, emisariusz obcej rasy Shi'ar, przejmuje kontrolę nad stacją kosmiczną Eagle One. Profesor Xavier, który od czasu walki ze Spirit Drinkerem ma problem z zapanowaniem nad swoimi mocami, wysyła X-Menów na stację, żeby powstrzymali Erika przed zabiciem przebywających na niej astronautów.
X-Meni uciekają ze stacji w kapsule ratunkowej, która rozbija się u wybrzeży Jamajki. Ciało Jean Grey zostaje przejęte przez kosmiczną istotę każącą nazywać się Phoenix. Xavier wyjeżdża na wyspę Muir, gdzie ma nadzieję zregenerować siły. Tam próbuje odnaleźć go przedstawicielka rasy Shi'ar - Lilandra Neramani. Jednak zanim udaje jej się odnaleźć Charlesa zostaje porwana przez Juggernauta i Czarnego Toma Cassidyego.