Film opowiada historię El Topo (Kreta, w tej roli sam Jodorowski), bezimiennego włóczęgi i rewolwerowca. Mężczyzna wędruje przez pustynię wraz ze swoim synkiem, docierając w końcu do wsi, której mieszkańcy zostali wymordowani. W ramach zemsty pokonuje okrutnych i perwersyjnych bandytów terroryzujących okolicę. Ratuje z ich rąk kobietę, z którą wyrusza na misję pokonania czterech mistrzów rewolweru. By zasłużyć na jej miłość przechodzi pomyślnie serię prób, zwyciężając wszystkich, jednakże ukochana zostawia go, śmiertelnie rannego, i odjeżdża z inną kobietą.