Jest rok 2046. Na Ziemi panują nowe warunki i zasady. Odkąd trzydzieści lat temu najechały ją różne gatunki obcych istot z kosmosu, jej krajobraz i środowisko zmieniły się nie do poznania. Do miasta Defiance, niegdyś zwanego St. Louis, przybywa tajemniczy Nolan (Grant Bowler) ze swoją podopieczną Irisą (Stephanie Leonidas).
W niedalekiej przyszłości, w jakiej toczy się akcja serialu, Ziemia nie jest już planetą, jaką znamy. Jej krajobraz uległ totalnej przemianie po gwałtownym najeździe siedmiu gatunków obcych istot z kosmosu.
Kiedy na miasto spada zabójczy deszcz z kosmosu, mieszkańcy Defiance muszą szukać schronienia. W oczekiwaniu na jego koniec odkrywają swoje wzajemne tajemnice.
Gordon McClintock, uznany za zmarłego bohater NASA z czasów sprzed najazdu obcych, zostaje odnaleziony w stanie hibernacji. Jego przebudzenie i próby dostosowania się do życia w nowym świecie wstrząsają miastem.
Kampania Amandy stoi pod znakiem zapytania, kiedy tuż przed miejskimi wyborami Nolan doprowadza do nieszczęśliwego wypadku. Mianowanie go stróżem prawa przez Amandę zaczyna wzbudzać w mieście wątpliwości.
Gdy obywatele miasta przygotowują się do wyborów burmistrza, Nolan zostaje w gwałtowny sposób skonfrontowany z własną przeszłością. Irisa musi z kolei zdecydować, czy zaufać własnemu przeznaczeniu.
Akcja drugiego sezonu rozpoczyna się w Nowym Chicago. Intensywne poszukiwania Irisy przynoszą w końcu efekty. Nolan zdobywa informacje, które prowadzą go na południe, do miasta zwanego dawniej Los Angeles.
Po powrocie do Defiance Irisa zostaje uwięziona. Burmistrz Pottinger proponuje Nolanowi jej uwolnienie w zamian za schwytanie sprawców wybuchu, w którym niemal zginął. W tym czasie Stahma robi wszystko, aby Datak pozostał za kratkami, co pozwoliłoby jej nadal kontrolować przestępcze działania rodziny.
Przerażające wizje Irisy nasilają się. Zaniepokojony Nolan jest bezradny wobec jej tajemnic. Podczas gdy interesy Tarrów kwitną pod wodzą Stahmy, coraz bardziej podejrzliwy Datak nadal pozostaje w więzieniu.
Pottinger nakazuje Nolanowi odnalezienie i zniszczenie sprawców śmiałego ataku na jego konwój, w trakcie którego został upokorzony. Wkrótce Nolan orientuje się, że jednym z nich jest współpracownik Rafe'a, co sprawia, że cała sytuacja robi się jeszcze bardziej napięta.
Amanda pada ofiarą nieznanego sprawcy. Prawdziwe powody traumatycznego zdarzenia mają jednak znacznie poważniejsze konsekwencje. I to nie tylko dla niej.
Na Ziemię spada Arka. Pottinger zleca akcję ratowniczą, ale jego prawdziwe motywy narażają całą misję na poważne niebezpieczeństwo. Ludzie Nolana muszą stawić czoła obcym, z którymi jeszcze nigdy nie mieli do czynienia.
Datak zostaje wrobiony w zaskakującą zbrodnię i szuka pomocy po niespodziewanej stronie. W tym czasie Irisa spotyka tajemniczego nieznajomego, dzięki czemu poznaje swoje przeznaczenie.
Wydarzenia poprzedniego odcinka wywołały w Defiance wielkie poruszenie. Ich skutki odczuła szczególnie Stahma. Tymczasem doktor Yewll stara się utrzymać w ukryciu pewien mroczny sekret.
Nolan usiłuje uratować Tommy'emu życie i powstrzymać Irisę przed zrealizowaniem jej niszczycielskiego planu. Tymczasem w Defiance napięcia pomiędzy Amandą i Stahmą sięgają zenitu.
Nolan i Irisa zostają uratowani z podziemnego więzienia przez tajemniczą siłę. Dzięki temu odkrywają, że siły wroga maszerują na miasto Defiance. Po upadku kopalni gulanitu miasto przeżywa trudne czasy.
Datak, Stahma i Rafe, podczas misji ponownego zjednoczenia rodziny, napotykają śmiertelne komplikacje . Podczas gdy Alak i Pilar przemierzają las z dzieckiem, Alak uświadamia sobie, jak niestabilna jest jego teściowa.
Berlin prowadzi śledztwo w sprawie zamachu bombowego przeprowadzonego przez Kolektyw Votanis w centrum miasta Defiance. Ukrywany romans Stahmy z T'evginem, tajemniczym przywódcą Omec, nabiera nowych barw.