Prywatny samolot agenta ubezpieczeniowego Scotta Erica Sommera rozbija się na bagnach Everglades, po po tym jak jego pilot został zastrzelony. Sommer jest jedynym ocalałym z katastrofy. Jego księgowa, która prawdopodobnie walczyła z napastnikiem wyskoczyła z samolotu bez spadochronu. Wkrótce wychodzi na jaw, że firma Sommera była obiektem dochodzenia komisji papierów wartościowych.

Kolumbijski importer zostaje znaleziony z bombą przytwierdzoną do szyi. W trakcie próby rozbrojenia, ładunek wybucha zabijając przy tym członka ekipy saperskiej - Ala, który jest przyjacielem Horatio.

We wnętrznościach złowionego rekina rybak znajduje część ludzkiego korpusu. Szczątki trafiają do koronera i Alexx odkrywa ranę po kuli kaliber 45. Horatio i Megan rozpoczynają śledztwo w sprawie morderstwa. Tatuaż na ramieniu denata sugeruje, że ofiara mogła być uchodźcą politycznym z Kuby. Delko i Speedle wkrótce znajdują też porzuconą łódź, a na niej łuski po strzelaninie oraz krew… Ślady sugerują przemyt narkotyków. Grupa śledczych kryminalistyków drąży sprawę dalej. Wyniki śledztwa przynoszą zaskakujące rozwiązanie.

Na plaży w Miami znalezione zostaje ciało brutalnie zamordowanego mężczyzny. Denat ma podcięte gardło, a na twarzy ślad przypalenia. W pewnej odległości od zwłok znaleziona zostaje pobita do nieprzytomności i podtopiona młoda kobieta, która trafia do szpitala. Ślady prowadzą ekspertów w progi wpływowej rodziny, z którą wiąże Horatia sprawa prowadzona piętnaście lat wcześniej, na początku jego kariery śledczego.

W zakrystii zostają znalezione zwłoki zastrzelonego księdza. Na miejscu zbrodni Horatio i Megan odnajdują łuskę i kilka innych dowodów sprawiających, że głównym podejrzanym staje się dwunastoletni chłopiec, Cameron Medina. Przeszukanie w jego domu początkowo potwierdza przypuszczenia Megan. Dalsze śledztwo przynosi jednak więcej pytań niż odpowiedzi. Tymczasem Horatio i Delko prowadzą dochodzenie w drugiej sprawie: we wraku spalonego samochodu Delko odkrył zwęglone zwłoki młodej kobiety. W czasie sekcji zwłok w jej żołądku zostaje znaleziony cenny klejnot...

Pięcioletnia Ruthie znika z placu zabaw. Wkrótce jej ciało zostaje odnalezione w pobliskiej toalecie. Wszystkie osoby znajdujące się we wnętrzu hali parku rozrywki zostają zatrzymane do wyjaśnienia sprawy. Rozpoczyna się śledztwo, podczas którego Horatio, Calleigh, Delko i Speedle poszukują najdrobniejszych śladów. Natrafiają między innymi na dziwne odciski palców...

Horatio Caine i jego zespół ekspertów medycyny sądowej tym razem odwiedzają pewną rezydencję. Śledztwo dotyczy zamordowania młodego mężczyzny. Zwłoki odkryto po nocnej imprezie, podczas której Noel zabawiał tańcem erotycznym zaproszone dziewczyny. Na początek trzeba ustalić, z kim denat spędził bardziej intymne chwile podczas minionej nocy... Również Delko ma do rozwiązania zagadkę kryminalną, która tylko pozornie wydaje się łatwa. Tym razem do morderstwa doszło pod powierzchnią oceanu.

Na ulicy pojawia się kilkunastomiesięczna dziewczynka w piżamce poplamionej krwią. Dziecko jest wystraszone, ale nie ranne, musiało więc opuścić miejsce zbrodni. Horatio Caine przemierza ulice przedmieścia Miami, by odnaleźć dom, w którym doszło do zdarzenia. Grupa śledcza odkrywa kilka ciał z ranami postrzałowymi i brak śladów wskazujących, że napastnik zaatakował tę rodzinę z zewnątrz.

W centrum Miami w godzinie szczytu ktoś strzela do przypadkowych przechodniów i zabija troje z nich. Potem policja odkrywa jeszcze czwartą ofiarę turystkę, która pechowo znalazła się na linii strzału. Horatio i Calleigh rozpoczynają śledztwo na miejscu zbrodni. Tym razem istotnych informacji na temat morderstwa dostarczy im źdźbło trawy.

Profesor antropologii zostaje znaleziony martwy. Jego metody nauczania budziły kontrowersje. Ostatnio interesował go temat linczu. Horatio Caine i detektyw Bernstein na miejscu zbrodni ustalają, że został okaleczony i zamordowany, a na koniec powieszony na sznurze. Ciało ofiary skrępowano za pomocą wojskowych więzów na nogach i rękach, ale też nosi wyraźnie ślady tortur. Początkowo Horatio podejrzewa działanie sekty, ale ten trop też okazuje się błędny, ponieważ Alexx potwierdza, że to nie rany były powodem śmierci profesora.

W pobliżu autostrady porzucono zwłoki nastolatki. Dzięki śladom opon śledczym udaje się ustalić markę samochodu, którym ją przywieziono. Trop prowadzi do pobliskiego obozu dla młodzieży z problemami wychowawczymi. Po wizycie w tym obozie Horatio i jego ekipie nadal nie udaje się ustalić tożsamości zamordowanej dziewczyny ani miejsca zbrodni, ani też przyczyny zgonu. Grupa śledczych z Miami nie poddaje się i rozpoczyna dochodzenie od zbadania powietrza, które ofiara wdychała tuż przed śmiercią.

Para kochanków znajduje nagie zwłoki młodej kobiety ukryte pod łóżkiem w ich pokoju hotelowym. Brak śladów napaści seksualnej, ale uwadze śledczych nie umyka odcisk palca domniemanego zabójcy pozostawiony na pasku ofiary. Dzięki temu Horatio i Speedle docierają do mężczyzny, który był już w przeszłości karany za napaść na kobietę. Przed aresztowaniem nie są go w stanie uchronić zapewnienia żony przekonanej o jego niewinności. Horatia intryguje pleśń mikroskopijnych rozmiarów, pozostawiona przypadkowo na miejscu zbrodni.

W ślad za swoim uciekającym kotem młody mężczyzna wchodzi do domu w sąsiedztwie i wkrótce potem umiera w wyniku zatrucia zabójczą mieszanką oparów chemikaliów. Stężenie groźnych substancji jest tak duże, że grożą one w każdej chwili wybuchem i konieczna jest ewakuacja sąsiedztwa. Calleigh i Delko prowadzą śledztwo w sprawie brutalnego zamordowania starszej kobiety w domu pogodnej starości.

Ciało nagiego młodego mężczyzny zostaje odkryte w łóżku, w jego własnym domu. Został przywiązany za nogi i ręce, co może sugerować seksualny motyw tej zbrodni. Wydaje się to również potwierdzać fakt, że śledczy nie znajdują oznak kradzieży, chociaż ofiara wyraźnie była zamożna. Caine’a intryguje zegarek denata i ślad po tatuażu na jego ramieniu. Calleigh i Delko odkrywają o wiele makabryczniejsze miejsce zbrodni. Ktoś zabił seryjnego mordercę, który w swoim własnym krematorium spalił setki zwłok.

Na ulicy w Miami obok torów kolejki nadziemnej znaleziono zwłoki narkomana. Wszystko wskazuje na to, że zginął, spadając ze schodów, gdy próbował kogoś okraść. Podczas sekcji zwłok Horatio zauważa dziwną ranę na jego prawej dłoni i odkrywa, że mężczyzna został napromieniowany. Ogłasza alarm w całym laboratorium.

W salonie erotycznym dochodzi do zbrodni. W trakcie występu jednej ze striptizerek obserwujący ją mężczyzna zostaje pchnięty nożem. Podczas sekcji zwłok wychodzi na jaw, że zmarły był imigrantem z Europy Wschodniej i miał kontakt z dzikimi zwierzętami. Horatio potwierdza, że ofiara pracowała w miejscowym zoo. Namawia też tancerkę, by opuściła miasto. Dziewczyna wkrótce potem ginie pod kołami samochodu.

Rozpoczyna się proces mężczyzny oskarżonego o zamordowanie swojej gosposi, z którą miał romans. Pikanterii całej sprawie dodaje fakt, że podejrzany jest mężem ważnej persony w Miami, radnej Mercedes Escalante, co budzi szczególne zainteresowanie mediów. Horacio Caine jest przekonany o jego winie, ale gdy na chwilę przed złożeniem zeznań w sądzie dowiaduje się o podobnej zbrodni, woli to sprawdzić, niż przyczynić się do uwięzienia niewinnego człowieka. Znaleziono drugą ofiarę – młodą Latynoskę, zastrzeloną w podobnych okolicznościach, ale gdy podejrzany był w areszcie. Pozornie wszystko się jednak zgadza. Druga dziewczyna też była imigrantką…

Ulicami Miami sunie konwój CSI. Caine zlecił powtórną analizę zabezpieczonych narkotyków i ciężarówka wypełniona kokainą z policyjnego magazynu zmierza do laboratorium kryminalistycznego, gdy w środku miasta dochodzi do zderzenia z konduktem pogrzebowym. Równie przypadkowo na miejscu ataku pojawia się młoda kobieta z chłopcem. Wybucha strzelanina i Caine rzuca się, by ratować matkę z dzieckiem, a tymczasem ginie jeden z konwojujących antyterrorystów. Bandyta strzela też z bliska do Speedle’a, który padł na środku ulicy. Przestępcy zdołali uciec z łupem, ale dla śledztwa to nic straconego. Badanie miejsca zbrodni dostarcza wielu zaskakujących odpowiedzi.

Młoda kobieta zostaje znaleziona martwa w pobliżu basenu w ekskluzywnym hotelu w Miami. Ustalenie tożsamości ofiary nie jest proste, bo jej akta utajniły aż dwie agencje rządowe i była ona objęta programem ochrony świadków. Agent FBI wkrótce składa wizytę Caine’owi i chce przejąć śledztwo. Jednak Calleigh zdążyła ustalić pewien istotny szczegół w wyglądzie naboju. Odkryła, że tą samą bronią przed kilku laty dokonano napadu na bank, podczas którego zginął strażnik, a dwóch napastników skradło 600 tysięcy dolarów.

Horatio Caine zauważa, że ktoś go śledzi. Okazuje się, że to dawny więzień, który prosi o odnalezienie syna. Eric i Horatio ustalają, że chłopak razem z kolegą mają obsesję na punkcie broni. W tym samym czasie Tim prowadzi śledztwo w sprawie śmierci młodego mężczyzny. Dziewczyna, która spędziła z nim noc, twierdzi, że nic nie widziała. Alexx odkrywa jednak, że przed przyjazdem pogotowia ciało zostało odwrócone.

Trwają wakacje. Na Florydę zjeżdżają setki nastolatków, żeby się zabawić. Po jednej z takich imprez dwoje nastolatków znajduje na plaży ciało młodej dziewczyny. Alexx stwierdza, że przyczyną śmierci było skręcenie karku. Horatio i Tim ustalają, że morderca atakował już w innych częściach Florydy. Eric i Calleigh badają przyczyny śmierci młodego człowieka znalezionego na dnie basenu. Dowiadują się, że poprzedniego wieczoru palił trawkę razem z kolegami.

Eric i Tim idą się zabawić do klubu. Podczas występu DJ-a wybucha pożar. Ludzie wpadają w panikę. Jedne z drzwi ewakuacyjnych są zamknięte. Pożar powstał od fajerwerków odpalanych podczas występu. Horatio Calleigh i Tim odkrywają na zapleczu ciało zaginionego kelnera. Możliwe, że pożar miał zatuszować morderstwo.

Horatio, Eric i Tim przyjeżdżają do opuszczonej szopy, gdzie znajdują się skrępowane zwłoki i pozostałości po narkotykach. Podczas oględzin Horatio zauważa butelki z podejrzaną substancją. Dochodzi do wybuchu. Ekipa Caine’a nie spocznie, aż nie znajdzie sprawcy. Calleigh bada przyczynę śmierci Dennisa Harmona, przyjaciela Alexx.

W więzieniu dochodzi do morderstwa. Horatio ustala, że zabójstwo było tylko przykrywką dla ucieczki kilku więźniów. Wśród nich jest pedofil Stuart, który pojawił się już w 6 odcinku pierwszej serii.

Dziewczyna wyglądająca jak modelka zostaje śmiertelnie potrącona na ulicy i wszystko wskazuje na to, że była gościem pobliskiego luksusowego hotelu. Ślady opon potwierdzają, że było to morderstwo z premedytacją. Nikt nic nie widział, więc CSI opiera śledztwo wyłącznie na dowodach rzeczowych.

Na jachcie odkryto ciało mężczyzny przebite strzałą z kuszy. Znaki na ciele wskazują, że zmarły był nurkiem. Inne dowody sugerują, że szukał skarbów w wodach otaczających Florydę. Jego wspólnik twierdzi, że niczego ciekawego nie wydobyli. Horatio postanawia to sprawdzić. Delko nurkuje w miejscu ostatnich poszukiwań. Widzi syrenę, a wkrótce potem odkrywa zatopiony przed wiekami hiszpański galeon. Wkrótce w eksplozji przesyłki-pułapki ginie główny podejrzany.

W opuszczonym mieszkaniu zostaje znaleziona młoda kobieta. Wszystko wskazuje na to, że została pobita na śmierć. Jednak Horatio zauważa, że ofiara żyje. Yelina odkrywa, że dziewczyna była przed laty zgwałcona. Sprawca ubiega się o zwolnienie warunkowe.

Zostaje porwana nastolatka. Brała lekcje tenisa. Okazuje się, że dziewczyna uciekła ze swoim starszym o kilka lat ukochanym, jednak ponieważ rodzice sfałszowali jej akt urodzenia i ma ona w rzeczywistości 16, a nie 14 lat, mężczyźnie nie można zarzucić nic pod względem prawnym. W trakcie poszukiwań zaginionej dziewczyny natrafiono na fragmenty ciała nastoletniej latynoski. Ona również uczęszczała na lekcje tenisa. Ekipa Caine’a ustala, że obie sprawy się łączą.

Dwaj młodzi właściciele klubu nocnego po godzinach przebywali w lokalu, gdy wtargnął zamaskowany napastnik i ich zastrzelił. Tak twierdzi trzeci z obecnych tam mężczyzn, który został postrzelony w dwóch miejscach, ale przeżył i zdołał zawiadomić policję. Ślady odkryte na miejscu zbrodni wskazują, że ofiary przed śmiercią zażywały kokainę. Śledczy znajdują też dowód, że oprócz trójki poszkodowanych był tam ktoś jeszcze. Horatio nie daje za wygraną i nadal podejrzewa, że trzecia – niedoszła – ofiara nie jest do końca szczera.

Młody mężczyzna i jego żona pragną jak najszybciej ewakuować się przed nadciągającym nad Florydę huraganem Anthony. Niespodziewanie na maskę ich auta spada ciało. Eksperci z CSI ruszają w teren z pomocą; w ogrodzie jednego z domów na przedmieściu Miami Horatio znajduje umierającego człowieka, który spadł z dachu. Caine wątpi, by był to nieszczęśliwy wypadek. Calleigh zwraca uwagę na osobnika, który wynosi ze zrujnowanego domu sprzęt elektroniczny.