Ekipa CSI tropi seryjnego zabójcę, który wycina na swoich ofiarach, kobietach, krwawą literę Y. Kiedy podejrzany zostaje aresztowany, okazuje się, że jest wyposażony w dodatkowy chromosom Y, rzekomy „gen mordercy”. Kiedy sprawa ma być zamknięta, popełniona zostaje podobna zbrodnia...

Uzbrojony napastnik wdziera się do domu kuratora sądowego. Policja błyskawicznie reaguje na wezwanie. Funkcjonariusze słyszą strzał – kurator zostaje śmiertelnie postrzelony. Morderca ucieka motorówką. Córka ofiary potwierdza, że jej ojciec sprawował dozór kuratorski nad dwoma tysiącami skazańców. Wielu z nich chciało go zabić. Badania DNA wykazują, że w sprawę może być zamieszany nastoletni syn porucznika Caine’a, Kyle Harmon. Do tej pory Horatio nawet nie wiedział o jego istnieniu.

Candance Walker, nastoletnia pływaczka, zyskała ogromną popularność, gdy w Internecie zamieszczono jej seksowne zdjęcia. Podczas kolejnych zawodów z jej udziałem dochodzi do tragedii – jej chłopak zostaje zastrzelony z łuku. Horatio boi się, że następną ofiarą będzie Candance. Przydziela jej do ochrony Ryana Wolfe’a. Wkrótce także Caine zyskuje rozgłos – na jednej ze stron internetowych ujawniono, że to on przyczynił się do aresztowania lokalnego bossa mafii, Argenta. Syn gangstera postanawia się na nim zemścić. Calleigh, chcąc przyjrzeć się bliżej broni, z której zabito chłopaka młodej pływaczki, odwiedza trenera szkolnej drużyny łuczniczej…

Syn Horatia, Kyle Harmon, zatrzymany za porwanie, decyzją sądu do czasu rozprawy ma być pozbawiony wolności. W drodze do więzienia towarzyszą mu w autobusie groźni przestępcy. Więźniów eskortuje sierżant Frank Tripp. Podczas jazdy ktoś próbuje uwolnić jednego z gangsterów – sytuacja wymyka się spod kontroli. Dochodzi do strzelaniny, w wyniku której ginie młoda kobieta. Wszystko wskazuje na to, że to Frank ponosi odpowiedzialność za jej śmierć. W zamieszaniu uciekają niebezpieczni kryminaliści, a wraz z nimi znika też Kyle. Calleigh zbiera ślady na miejscu zbrodni; część z nich Natalia zabiera i ma dostarczyć do laboratorium. Po drodze wstępuje...

Para kochanków, uwięziona w aucie, zostaje umyślnie podpalona. Dziewczyna ginie, chłopak zaś – żywy, chociaż nieprzytomny – zostaje znaleziony nad brzegiem oceanu. Podczas autopsji Alexx sugeruje Horatio, że była to próba podwójnego samobójstwa. Calleigh dochodzi do podobnego wniosku po oględzinach mieszkania zmarłej dziewczyny. Podążając tropem jej karty kredytowej, Calleigh i Delko docierają na uniwersytet. Dochodzi tam do strzelaniny, a ich główny podejrzany staje się kolejną ofiarą w tej sprawie. Delko ma przywidzenia – widuje zmarłego kolegę, Tima Speedle'a.

Gwiazdor futbolu, Doug McClain zostaje śmiertelnie ugodzony w szyję podczas rozmowy telefonicznej z reporterką Wendy LeGassic. Oględziny zwłok wskazują, że zabójca perfekcyjnie zadał cios, bo nie widać żadnych śladów walki. Alexx nie może jednak poddać ciała ofiary rutynowej autopsji, sprzeciwia się temu bowiem wdowa po zamordowanym sportowcu, Eliss McClain. Calleigh i jej chłopak, detektyw Jake Berkeley, odkrywają, że z rezydencji zniknęły trzy mistrzowskie trofea. Natalia i Delko podejrzewają morderstwo dla sportowych pamiątek.

Podczas zaćmienia Słońca na hotelowym basenie zostaje zamordowany Ronnie Temple. Alexx przepowiada, że śmierć w takich okolicznościach to zły omen. Na walizce znalezionej na miejscu zbrodni śledczy znajdują nietypowe DNA. Badania laboratoryjne potwierdzają, że należy do mężczyzny, który przeobraża się w wilka. Alexx przystępuje do sekcji zwłok z lękiem i w trakcie badania traci przytomność...

W czasie tygodnia mody w Miami na jednym z pokazów dochodzi do tragicznego wypadku. Jedna z modelek przypina się kajdankami do metalowego słupa na scenie i zostaje śmiertelnie porażona prądem. Już początkowa faza śledztwa pokazuje, że wpadek był efektem celowego działania. Projektant oświadcza, że nie ma nic wspólnego z tą zbrodnią, coś jednak wyraźnie ukrywa. Okazuje się, że zamordowana dziewczyna również miała tajemnicę: trzymała w sekrecie, że była żoną znanego gangstera. FBI żąda, by CSI zaniechało dalszego śledztwa w tej sprawie dla dobra świadka koronnego. Ponadto dochodzenie zapoczątkowane przez Biuro CSI w Miami może sprowadzić śmiertelne...

Rodzina Partneyów spieszy się, aby na czas wyjść z hotelu i zdążyć na powrotny lot do domu. Kiedy Roger korzysta z toalety, jego syn Brian zostaje zastrzelony przed wejściem do windy. Horatio dowiaduje się, że rodzina pochodzi z Kanady i była w Miami na wakacjach. Ekipa kryminologów nie może zlokalizować naboju. W windzie znajdują bandanę ze znakiem gangu Cobra Familia. Na taśmie rejestrującej wydarzenia na korytarzu widać, że napastnik miał na sobie część hotelowego uniformu.

Calleigh zostaje zaatakowana na ulicy. Kobieta odruchowo sięga po broń. Napastnik traci kontrolę nad pojazdem, który w pędzie wpada do pobliskiego sklepu, gdzie policja znajduje zwłoki nieznanej kobiety. Calleigh staje się główną podejrzaną w sprawie o zabójstwo. Alexx podczas sekcji stwierdza, że ofiara nie żyła w chwili, gdy najechał na nią rozpędzony samochód. Ryan odkrywa, że związek z jej śmiercią miały aromatyzowane cukierki znalezione w wozie, którym usiłowano przejechać Calleigh.

Pięcioletnia dziewczynka przerywa przyjęcie wydawane przez zamożnych rodziców, pojawiając się na nim ze śladami krwi na bosych stópkach. Okazało się, iż jest to krew jej niani. Zamordowana dziewczyna, imieniem Vanessa, zamierzała wkrótce opuścić pracodawców. Ślady zabezpieczone na miejscu zbrodni pasują do DNA jednego z gości na party i zarazem właściciela agencji dla niań, który nie przyznał się do znajomości z ofiarą. Sekcja zwłok wykazała, że przyczyną śmierci dziewczyny było ugodzenie nożem. Wyszło też na jaw, że ofiara była podtruwana.

Detektyw Tripp powraca do wydziału, by wspólnie z drużyną CSI prowadzić dochodzenie w sprawie nielegalnego handlu bronią. Tymczasem w portowym magazynie trzech handlarzy ginie na miejscu. Calleigh jest zaszokowana, bo nigdy dotąd nie widziała skutków użycia najnowszej elektronicznej broni. DNA znalezione na miejscu zbrodni wskazuje na Gabriela Soto. Wkrótce nad brzegiem oceanu zostaje odkryta kolejna ofiara – Steve Lancaster zostaje ogłuszony paralizatorem i zamordowany, ale bez jakichkolwiek śladów. Gdy Alexx szuka odpowiedzi, w jaki sposób zginął ten człowiek, jej koledzy na jego bransoletce od zegarka znajdują odcisk palca jego wspólnika.

Alexx i Ryan rozpoczynają oględziny zwłok młodej kobiety, Rachel Hemming, i błyskawicznie muszą uciekać z miejsca zbrodni z powodu wybuchu pożaru. Okazuje się, że w mieszkaniu znajdowało się laboratorium chemiczne do wyrobu narkotyków. Horatio przesłuchuje Jeremy’ego Broylesa, właściciela domu, który zapewnia, że nic o tym nie wiedział. Delko dostrzega na ciele ofiary odcisk palca należący do jej brata, który był już notowany za napady, ale Zach Hemming twierdzi, że nie skrzywdziłby swojej siostry. Podsłuch sugeruje, że zamordowana dziewczyna była tajną informatorką. Wśród jej osobistych rzeczy Calleigh zauważa zdjęcie.

Julia Winston - atrakcyjna i bardzo bogata kobieta – prowadzi aukcję, na której oferuje kupno prywatnej wyspy. Tymczasem w innej części rezydencji jej mąż, Bill – miliarder, filantrop i obieżyświat – zostaje zastrzelony podczas podpisywania pewnych dokumentów. Rekonstrukcja zdarzeń sugeruje, że nikt nie mógł wejść do jego pokoju, a autopsja potwierdza, że zginął od strzału z małej odległości. Horatio przybywa na miejsce zbrodni i zaskoczony odkrywa, że wdowa jest jego byłą żoną i matką Kyle’a!

Ceremonia ślubna gwiazdy bejsbolu Grega Tannera. Tuż przed złożeniem małżeńskiej przysięgi narzeczona sportowca Susan Alston zostaje zastrzelona. Horatio Caine i jego ludzie rozpoczynają śledztwo. Greg jest przekonany, że był to atak jego szalonego fana. Śledczy tymczasem podejrzewają ochroniarza Tannera. Calleigh i Delko na miejscu zbrodni znajdują welon, którego ekspertyza włącza w krąg podejrzanych agenta Grega, Alana Farrisa. Inna poszlaka wskazuje z kolei na drużbę – Russella Brooksa, który ma już sporo przestępstw na koncie. Śledczy sprawdzają także uczestników wieczoru kawalerskiego, którego gospodynią była dobra znajoma Grega, Kelly Chapman.

Na bagnach Everglades zostaje znalezione ciało kobiety, którą Julie Winston skłoniła do współpracy dla ratowania swojego syna. Liczne ślady na ciele ofiary wskazują, że walczyła o życie. Horatio jest przekonany, że jego była żona użyła przekupstwa, by ocalić Kyle’a przed więzieniem. Nie potwierdza jednak na razie, że miała bezpośredni związek z zabójstwem. Delko odkrywa ślady, które prowadzą do osoby, która miała kontakt z ofiarą przed jej śmiercią. Tymczasem Calleigh po powrocie z miejsca zbrodni uświadamia sobie, że ktoś ją okradł i sabotuje jej śledztwo.

Horatio został aresztowany pod zarzutem zabójstwa Riaza i został deportowany do Brazylii. Tam musi się definitywnie uporać z przeszłością. Tymczasem w Miami ekipa CSI pracuje nad uwolnieniem Calleigh z rąk porywaczy. Ślady zabezpieczone w jej samochodzie wskazują, że została uprowadzona ze swego auta w drodze do pracy. Sprawa jest jednak zagadkowa, gdyż Calleigh miała przy sobie broń, jednak jej nie użyła. Ryan odkrywa ślad, który wiedzie do mężczyzny zamieszanego w nielegalny hazard, a także w pewne zabójstwo!

Ekipa CSI prowadzi śledztwo w sprawie śmierci prawnika Seana Radleya, który zginął przejechany przez samochód. Odnalezienie auta nie jest łatwe, bo zostało wynajęte. Pierwszą główną podejrzaną wydaje się żona Radleya, Deborah. Kobieta przyznaje, że to ona wynajęła feralny wóz, ale został on skradziony, gdy doszło do morderstwa. Policyjny śmigłowiec namierza w końcu samochód na autostradzie. Calleigh odkrywa w jego wnętrzu dowód, który sugeruje, że samochód prowadziła nastolatka. Badania DNA potwierdzają, że była to córka ofiary!

Zespół znajduje w zapadlisku ciało, które okazuje się mieć związek z napadem na podziemny bank. Sprawa dotyczy również obciążającego nagrania wideo córki bogatego biznesmena, która spotyka się z handlarzem narkotyków.

Przypadkiem ginie niewinny człowiek. Specjaliści z CSI trafiają na ślad, który prowadzi ich do kogoś z własnej drużyny. Syn Alexx staje się jednym z głównych podejrzanych. Sprawy komplikują się jeszcze bardziej, kiedy Alexx znajduje syna w opuszczonym magazynie. Stoi on z zakrwawionym nożem nad ciałem przyjaciela, który jest drugim podejrzanym w tej sprawie.

W wyniku fałszywego zgłoszenia na telefon alarmowy ginie człowiek. Horatio musi przeciwstawić się prywatnemu detektywowi, który od pewnego czasu próbuje zniszczyć jego zespół. Prywatny śledczy zaczyna grzebać w życiu prywatnym pracujących przy sprawie kryminologów. Udaje mu się odsunąć od dochodzenia Calleigh i Erica.

Nieznany przestępca zamierza doprowadzić do zniszczenia zespołu Horatio Caine’a. Manny Ortega zostaje znaleziony martwy na ulicy w Miami. Kiedy na miejscu zbrodni pojawia się ekipa CSI, towarzyszy jej nowy ekspert od medycyny sądowej, Shannon Higgins. W tej samej chwili na miejscu dochodzi do strzelaniny. Jedyną ofiarą jest Higgins. Obydwa ciała zostają skierowane do autopsji, którą poprowadzi kolejny nowy lekarz w drużynie, Thomas Wellner. Tymczasem Horatio przesłuchuje Evana Caldwella, tajnego agenta federalnego.

Akcja nowej serii odcinków rozpoczyna się tuż po wydarzeniach z ostatniego odcinka szóstego sezonu. Horatio pozoruje własną śmierć, aby dopaść Rona Sarisa, a wraz z nim wielki ładunek nabojów zrobionych ze stopu łatwotopliwego. Calleigh, która współpracuje z policyjnym tajniakiem, który przeniknął do mafijnych szeregów, dowiaduje się, że przygotowywany wielki napad jest organizowany przy pomocy agenta Biura ds. Alkoholu, Tytoniu, Broni Palnej oraz Materiałów Wybuchowych, które jest agencją rządową USA.

Przyjęcie na plaży zorganizowane przez Paula Sandersa okazuje się najgorętszym wydarzeniem sezonu, a gwiazdą wieczoru okazuje się student Dan Granger zamieniony w żywą pochodnię. Współlokator ofiary wyznaje policji, że planowali kradzież benzyny z baków luksusowych limuzyn zaparkowanych pod czujnych okiem Sama Laughlina. Ten trop prowadzi Caine'a na ślad operacji przestępczej zakrojonej na niewyobrażalną skalę, która może obejmować masową produkcję fałszywych dokumentów, nielegalną imigrację i handel ludźmi.

Horatio i spółka prowadzą śledztwo w sprawie morderstwa Chelsea Marsh, córki Dr Rachel Marsh, której ciało znaleziono w domowym gabinecie jej matki. Lista potencjalnych podejrzanych rośnie wraz z rozwojem dochodzenia, a znajdują się na niej pacjenci Dr Marsh, członkowie rodziny, ale przede wszystkim były chłopak ofiary, Shane Huntington. Chelsea zerwała z Shanem, który jest nie tylko dziedzicem wielkiej fortuny, ale i byłym pacjentem jej matki. Ale to dopiero początek tej wielowątkowej historii.

Horatio i jego zespół muszą zbadać sprawę dwóch mężczyzn, których znaleziono martwych na bagnach. Okazuje się, że jeden z nich zabił drugiego, wgryzając się w jego szyję. Jednak na scenie zbrodni był też ktoś trzeci. Obie ofiary ćwiczyły sztuki walki w siłowni Ivana Sarnoffa, znanego bossa rosyjskiej mafii. Morderstwo niewątpliwie powiązane jest z ciemnymi interesami Ivana. Czy ekipie uda się zdobyć wystarczająco dowodów, by rozwikłać tę zagadkę?

Nastolatka Kim Walderman przymierza ubrania w eleganckim butiku, gdy nagle jej kabinę rozrywa wybuch. Horatio Caine i jego zespół muszą zbadać przyczyny eksplozji. Ku ich ogromnemu zaskoczeniu okazuje się, że materiał wybuchowy był wszyty w sukienkę, którą przymierzała Kim. W torebce dziewczyny znajdują pięć tysięcy dolarów w gotówce oraz narzędzia pomocne przy kradzieży ze sklepów. Z kolei odciski palców na banknotach należą do chirurga plastycznego Roberta Langleya. Ten jednak zaprzecza, by był zamieszany w sprawę.

William Campbell ma zeznawać jako świadek koronny przeciw gangsterowi Joe'emu Salucciemu. Jednak mężczyzna ginie, gdy ogromny dźwig obraca w pył jego kryjówkę w wieżowcu. Campbell miał zeznać, że słyszał rozmowę o morderstwie, w której padło nazwisko Salucciego. Okazuje się, że córka gangstera niedawno zginęła pod kołami quada w trakcie ogniska na plaży. Salucci postanowił zemścić się na kierowcy pojazdu, ale ciała nigdy nie odnaleziono. Sprawa komplikuje się jeszcze bardziej, gdy okazuje się, że operator dźwigu był powiązany z Campbellem.

Steve Howell został zamordowany w swoim pokoju hotelowym. Główną podejrzaną jest Christina Dodd, która leży na łóżku obok niego i nie pamięta, co się wydarzyło. Okazuje się, że Steve podał Christinie narkotyki, ale ona też nie jest tak niewinna, jak twierdzi. Boy hotelowy zeznaje, że brała w tym udział z własnej woli. Christina przyznaje, że jest znudzoną panią domu, która od niedawna zaczęła sypiać z mężczyznami za pieniądze. W trakcie dalszego śledztwa ekipa napotyka Lisę Radley, również panią domu, która ma do opowiedzenia podobną historię na temat Steve'a. Kim był zmarły, czemu brał na celownik zamężne kobiety i kto go zabił? Gościnnie w odcinku występuje Lucy Lawless.

Pewna para porywa maleńką Sophie Walsh. W trakcie śledztwa testy DNA wykazują, że ojcem Sophie nie jest mąż jej matki, Jill Walsh, ale sąsiad, z którym kobieta miała romans. Mężczyzna zaprzecza, jakoby wiedział, że dziecko jest jego. Zespół znajduje jednak dowody, że to właśnie on zlecił komuś porwanie jego córki. Wbrew umowie, porywacze uciekają jednak z dzieckiem. Czy Horatio zdoła odnaleźć małą, zanim zostanie sprzedana za granicami kraju?