Choć nigdy nie zostało to wyraźnie wyjaśnione, infekcja rozpoczęła się już podczas wydarzeń z pierwszego filmu. Jak wspominała Czerwona Królowa, wirus może zmieniać swoją formę. W okresie pomiędzy obiema częściami wirus rozprzestrzenił się z „Hive” do podziemnych obszarów Raccoon City, najwyraźniej poprzez system wentylacyjny, co tłumaczy, dlaczego nieumarli zaczęli wychodzić z cmentarza.
Gdy doktor Marvin, jego żona, major oraz policjant są transportowani na pokładzie latającego spodka, duży ekran pokazuje ich oddalanie się od Ziemi. Jedno z widocznych ujęć przedstawiających Ziemię i Księżyc spowite mglistą poświatą pochodzi z czołówki filmu The Day the Earth Stood Still (1951). Występował w nim Harry Lauter, grający w tym filmie operatora generatora, jako żołnierz czołgu, któremu Klaatu przekazał uszkodzone urządzenie przeznaczone dla prezydenta do badania życia na innych planetach.