Filmy mutant, klan

Po latach bycia chronionym przed ludzkim światem, bracia wyruszają, aby zdobyć serca nowojorczyków i zostać zaakceptowanym jako normalni nastolatkowie poprzez bohaterskie czyny. Ich nowa przyjaciółka April O'Neil pomaga im w walce z tajemniczym syndykatem.

Tym razem Jubei Kibagami zostaje wplątany w rozgrywkę między dwoma klanami ninja. Zmuszony obietnicą daną umierającemu, Jubei musi chronić Shigure, kapłankę światła oraz tajemniczy klejnot, bo tylko dzięki nim możliwe jest otwarcie wejścia do dawno zaginionego królestwa. Ale droga nie będzie łatwa, bo obydwa klany wysyłają swoich najlepszych wojowników mających zdobyć klejnot i kapłankę.