Viper to super nowoczesny samochód, który ma pomóc policji w walce z Syndykatem. Policja nie ma jednak odpowiednio dobrego kierowcy, który by go poprowadził. Jednak, gdy podczas ucieczki Michael Payton (James McCaffrey) – jeden z najlepszych kierowców Syndykatu – ulega wypadkowi i zostaje pojmany, komisarz policji postanawia wykorzystać to. Pamięć Michaela o tym, kim był zostaje mu wymazana. Zostaje stworzona jego nowa tożsamość. Wmawia mu się, że jest policjantem, który ma amnezję powypadkową i nazywa się Joesph Payne Astor. Od tej pory szala walki wyrównuje się a miasto ma nowego obrońcę.
Frank Black (Lance Henriksen), były agent FBI, obdarzony niezwykłym darem pozwalającym mu przeniknąć do umysłu przestępcy, zostaje konsultantem tajemniczej, ponad tysiącletniej organizacji Millennium, która zajmuje się wyjaśnianiem przestępstw głównie natury religijnej - związanych z mrocznymi rytuałami i obrzędami.
Detektyw Samantha Waters specjalizuje się w tropieniu szczególnie okrutnych przestępców tworząc ich portrety psychologiczne. Dysponuje nieprzeciętnymi zdolnościami kojarzenia faktów i układania w całość najbardziej skomplikowanych zagadek. Chociaż do zawodowych obowiązków zawsze podchodzi sumiennie, rzeczywiste motywy podjęcia się pracy detektywa płyną z osobistej tragedii, którą niegdyś przeżyła. Jej mąż został zamordowany przez brutalnego i bezwzględnego zabójcę. Złapanie mordercy męża jest dla niej najważniejsze.
Serial ukazuje tajniki dochodzeń prowadzonych przez policję. W każdym odcinku widzowie uczestniczą w prawdziwych śledztwach i razem z policyjnymi ekspertami odkrywają kolejne fakty dotyczące brutalnych przestępstw. W programie pojawiają się miejsca, w których doszło do tych przerażających aktów przemocy, dowody, które pomogły w rozwiązaniu kryminalnej zagadki, a także relacje naocznych świadków. Zobaczymy, jak wygląda codzienna praca lekarzy, techników kryminalnych, policjantów i prawników, którzy współpracują przy rozwiązywaniu nietypowych spraw kryminalnych.