Filmy cyrk, relacja chłopak-dziewczyna, tajemnica, kościół katolicki

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Tytułowy Johnny to młody Amerykanin, który z powodu wpojonych mu przez nieżyjącego już ojca ideałów, zaciąga się do wojska, aby jak twierdzi, podczas I wojny światowej "walczyć o demokrację". Podczas inspekcji okopów Johnny zostaje wyznaczony do idiotycznej misji, w której zostaje bardzo ciężko ranny. Wybuch bomby pozbawia go rąk, nóg oraz twarzy, a w dalszej konsekwencji - również wzroku, słuchu i węchu. Lekarze cudem ratują młodego żołnierza, który po umieszczeniu w szpitalu określony jest mianem "warzywa". Diagnoza lekarzy nie jest do końca trafna. Wewnątrz zmasakrowanego organizmu nadal funkcjonuje mózg. Chłopakowi udaje się wymyślić sposób porozumiewania się z otoczeniem przy pomocy alfabetu Morse'a. W ten sposób Johnny nawiązuje kontakt z jedną z pielęgniarek...