Wolverine, najpopularniejszy X-Men, kultowa postać amerykańskiej (i nie tylko amerykańskiej) popkultury, dla wielu z nas jest jedną z ulubionych komiksowych postaci. Brutalny, cyniczny, podstarzały i zarośnięty mężczyzna o przeszłości naznaczonej krwią i mrokiem podbił serca milionów. Tym razem powraca jako postać nowego anime Marvela. Nasz bohater wyrusza do Japonii, by odnaleźć swoją ukochaną - Mariko Yashidę. Kobieta została porwana przez swojego ojca, Shingena, bezwzględnego szefa jednego z japońskich syndykatów zbrodni. Logan, by odzyskać swą ukochaną, będzie zmuszony do pokonania niezliczonej liczby przeciwności i przeciwników...
X-Men, grupa mutantów pod przewodnictwem Profesora X, wyrusza do Japonii, aby pomóc w poszukiwaniach zaginionej Hisako Ichiki. Niestety na miejscu okazuje się, że sprawa nie jest tak prosta, jak się wydawało. Bohaterowie zostają bowiem zaatakowani przez U-Men - grupę, która chce unicestwić wszystkich mutantów.
Kiedy Storm znika podczas tajnej misji pozostali X-Meni wyruszają zbadać sprawę. Ich poszukiwania stają się bardziej niebezpieczne kiedy na miejsce zdarzenia przybywa Magneto i jego Bractwo złych mutantów.
Po nagłej eksplozji z Instytutu Xaviera w niewyjaśniony sposób znikają telepaci: Profesor Charles Xavier oraz Jean Grey. Rok później rząd, w celu zapewnienia bezpieczeństwa ludzkości, rozpoczyna walkę z mutantami. W odpowiedzi Wolverine postanawia ponownie zebrać drużynę x-menów, która rozpadła się po zaginięciu Profesora Xaviera.
Scott Summers i Emma Frost reformują Szkołę Xaviera dla Utalentowanej Młodzieży. Stawiają sobie wyraźny cel - chcą by ich działalność zadziwiła świat. Ale gdy w mediach niespodziewanie pojawia się wstrząsająca wiadomość dotycząca leku na gen mutacji, realizacja wszystkich ich planów zostaje powstrzymana.