Magneto po uwolnieniu przez White Queen z wojskowego konwoju, planuje zagładę ludzkości. W tym celu atakuje szkołę Xaviera i zdobywa Cerebro - urządzenie który wzmacnia moce mutantów. Przy jego pomocy chce zmienić kurs zbliżającej się komety tak by zderzyła się z Ziemią.
Po nagłej eksplozji z Instytutu Xaviera w niewyjaśniony sposób znikają telepaci: Profesor Charles Xavier oraz Jean Grey. Rok później rząd, w celu zapewnienia bezpieczeństwa ludzkości, rozpoczyna walkę z mutantami. W odpowiedzi Wolverine postanawia ponownie zebrać drużynę x-menów, która rozpadła się po zaginięciu Profesora Xaviera.
Kiedy Storm znika podczas tajnej misji pozostali X-Meni wyruszają zbadać sprawę. Ich poszukiwania stają się bardziej niebezpieczne kiedy na miejsce zdarzenia przybywa Magneto i jego Bractwo złych mutantów.
Akcja serialu rozpoczyna się w Nowym Yorku, gdzie Wolverine ratuje swojego starego przyjaciela - Tesshina Asano przed członkami grupy o nazwie AIM. Tesshin informuje go, że przywódcą AIM jest Shingen Yashida, ojciec dawnej ukochanej Logana - Mariko. Okazuje się również, że Mariko została porwana. Wolverine postanawia wyjechać do Tokio aby ją odnaleźć.
Scott Summers i Emma Frost reformują Szkołę Xaviera dla Utalentowanej Młodzieży. Stawiają sobie wyraźny cel - chcą by ich działalność zadziwiła świat. Ale gdy w mediach niespodziewanie pojawia się wstrząsająca wiadomość dotycząca leku na gen mutacji, realizacja wszystkich ich planów zostaje powstrzymana.