Filmy przemowa, ratunek, surrealizm, walka, lewitacja, piękna kobieta

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Po tym, jak wynaleziona zostaje skuteczna kuracja niwelująca działanie genu "X" odpowiedzialnego za mutację, rząd rozpoczyna wdrażać w życie program szczepień mutantów, którzy zechcą dobrowolnie poddać się leczeniu. Braterstwo pod przewodnictwem Magneto uznaje tą propozycję za poważne zagrożenie i wkrótce okazuje się, że nie były to płonne obawy. Prof. Xavier, przywódca X-manów i dyrektor ośrodka szkoleniowego dla uzdolnionej młodzieży zostaje niespodziewanie skonfrontowany z faktem, że Jean Grey, która była uznana za zmarłą nagle powraca jako obdarzona niespotykaną siłą, ale niestabilna emocjonalnie Phoenix. Film dotyka tematu inżynierii genetycznej i sposobu wykorzystania możliwości tkwiących w tej dziedzinie nauki, włączając w to rozważanie moralny aspekt działania w tym zakresie.