Filmy prolog, eksplozja, samolot

Joshua, były agent służb specjalnych, odkrywa, że bronią, która zagraża światu jest sztuczna inteligencja ukryta w ciele dziecka.

Noah (Anthony Ramos), bystry młody chłopak z Brooklynu i Elena (Dominique Fishback), ambitna, utalentowana badaczka artefaktów, zostają wciągnięci w konflikt, gdy Optimus Prime i Autoboty stawiają czoła przerażającemu nowemu zagrożeniu.

Detektyw Frank Bullit otrzymuje rozkaz ochrony człowieka, który ma składać zeznania przeciwko mafii. Niestety, informator ginie, a wszystko wskazuje na to, że zabójstwo zlecił ktoś z policji, kto dokładnie wiedział, gdzie świadek jest przetrzymywany. Bullit postanawia go odnaleźć, ale tym samym czyni sobie wrogów nie tylko z mafii, ale również policji.

Po tym, jak wynaleziona zostaje skuteczna kuracja niwelująca działanie genu „X” odpowiedzialnego za mutację, rząd rozpoczyna wdrażać w życie program szczepień mutantów, którzy zechcą dobrowolnie poddać się leczeniu. Braterstwo pod przewodnictwem „Magneto” uznaje tę propozycję za poważne zagrożenie i wkrótce okazuje się, że nie były to płonne obawy. Profesor Xavier, przywódca X-manów i dyrektor ośrodka szkoleniowego dla uzdolnionej młodzieży zostaje niespodziewanie skonfrontowany z faktem, że Jean Grey, która była uznana za zmarłą, nagle powraca jako obdarzona niespotykaną siłą, ale niestabilna emocjonalnie Phoenix. Film dotyka tematu inżynierii genetycznej i sposobu wykorzystania możliwości tkwiących w tej dziedzinie nauki, włączając w to rozważanie moralny aspekt działania w tym zakresie.