Filmy ratunek, surowica, eksplozja, superbohater, wiadomości telewizyjne, bójka, pościg

Po tym, jak wynaleziona zostaje skuteczna kuracja niwelująca działanie genu "X" odpowiedzialnego za mutację, rząd rozpoczyna wdrażać w życie program szczepień mutantów, którzy zechcą dobrowolnie poddać się leczeniu. Braterstwo pod przewodnictwem Magneto uznaje tą propozycję za poważne zagrożenie i wkrótce okazuje się, że nie były to płonne obawy. Prof. Xavier, przywódca X-manów i dyrektor ośrodka szkoleniowego dla uzdolnionej młodzieży zostaje niespodziewanie skonfrontowany z faktem, że Jean Grey, która była uznana za zmarłą nagle powraca jako obdarzona niespotykaną siłą, ale niestabilna emocjonalnie Phoenix. Film dotyka tematu inżynierii genetycznej i sposobu wykorzystania możliwości tkwiących w tej dziedzinie nauki, włączając w to rozważanie moralny aspekt działania w tym zakresie.

Coraz powszechniejsze użycie energii atomowej, powoduje mutacje u części populacji i obdarzenie niektórych ludzi niezwykłymi mocami. Wykorzystując nabyte umiejętności niezwykle potężny mutant Sebastian Shaw, postanawia wszcząć wojnę atomową między USA a ZSSR, co wyniszczy normalnych ludzi. Na jego drodze staje jednak telepata Charles Xavier wraz z dawnym podopiecznym Shawa Erikem Lehnsherrem i grupką młodych mutantów.