Filmy zdrada, relacja ojciec-syn, przemiana, laboratorium

Przedstawiciele pozaziemskiej cywilizacji przybyli 28 lat temu na Ziemię. Bez precyzyjnego planu jak zorganizować życie uchodźców, ludzie odizolowali ich w dystrykcie 9. – zamkniętej dzielnicy Johannesburga. Powołana do jej nadzoru specjalna firma Multi-National United nie dba jednak o godziwe warunki dla przybyszy. Prawdziwym celem korporacji są badania nad odebraną im niezwykłą bronią. Do jej obsługi potrzebne jest jednak DNA obcych. Konflikt między gospodarzami a emigrantami wybucha, kiedy pracownik MNU Wikus van der Merwe (Sharlto Copley) przypadkowo zarażony nieznanym wirusem zmienia swój kod genetyczny. Rozpoczyna się polowanie na nową istotę, której DNA pozwoliłoby ludzkości odkryć tajemnice supernowoczesnych, kosmicznych technologii. Napiętnowany i odrzucony mutant podzieli dwa światy. Kto w dystrykcie 9. okaże się jego sprzymierzeńcem a kto wrogiem?

Wynalezienie lekarstwa odwracającego proces mutowania prowadzi do odwrócenia biegu historii. Po raz pierwszy mutanty stają przed wyborem: zachować swą unikalność, co oznacza skazanie się na wieczną izolację i alienację, czy też wyrzec się pozyskanej w wyniku mutacji mocy. Przeciwstawne punkty widzenia przywódców mutantów - Charlesa Xaviera, który naucza tolerancji, i Erika Lehnsherra, który wierzy w przetrwanie najsilniejszych, zostają poddane ostatecznej próbie - dochodzi do wojny, która ma rozstrzygnąć wszelkie spory.

Po nagłej eksplozji z Instytutu Xaviera w niewyjaśniony sposób znikają telepaci: Profesor Charles Xavier oraz Jean Grey. Rok później rząd, w celu zapewnienia bezpieczeństwa ludzkości, rozpoczyna walkę z mutantami. W odpowiedzi Wolverine postanawia ponownie zebrać drużynę x-menów, która rozpadła się po zaginięciu Profesora Xaviera.