Filmy morderca, śmierć, morderstwo, waszyngton, eksplozja ciała

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Po tym, jak wynaleziona zostaje skuteczna kuracja niwelująca działanie genu "X" odpowiedzialnego za mutację, rząd rozpoczyna wdrażać w życie program szczepień mutantów, którzy zechcą dobrowolnie poddać się leczeniu. Braterstwo pod przewodnictwem Magneto uznaje tą propozycję za poważne zagrożenie i wkrótce okazuje się, że nie były to płonne obawy. Prof. Xavier, przywódca X-manów i dyrektor ośrodka szkoleniowego dla uzdolnionej młodzieży zostaje niespodziewanie skonfrontowany z faktem, że Jean Grey, która była uznana za zmarłą nagle powraca jako obdarzona niespotykaną siłą, ale niestabilna emocjonalnie Phoenix. Film dotyka tematu inżynierii genetycznej i sposobu wykorzystania możliwości tkwiących w tej dziedzinie nauki, włączając w to rozważanie moralny aspekt działania w tym zakresie.

Jeden z roponośnych krajów, któremu przewodzi postępowy i reformatorski książę Naser, zrywa dotychczasową współpracę z amerykańskim koncernem Connex, decydując się na podpisanie lukratywnego kontraktu z firmą z Chin. Dla amerykańskiej korporacji ta decyzja oznacza mniejsze wpływy, spółka postanawia przejąć konkurencyjne przedsiębiorstwo Killen, które weszło w posiadanie praw do eksploatacji bogatych złóż ropy w Kazachstanie. Fuzja wzbudza jednak zainteresowanie Departamentu Sprawiedliwości, który podejrzewając korupcję zleca przeprowadzenie kontroli firmie prawniczej z Waszyngtonu. Te decyzje stają się początkiem szeregu wydarzeń, w których dużą rolę odegrają oficer CIA Bob Barnes, adwokat Bennett Holiday, analityk branży energetycznej Bryan Woodman, szef firmy Killen - Jimmy Pope oraz ubodzy emigranci pracujący na polach naftowych.

Przed laty Luke Connolly pracował dla rządowej agencji wywiadowczej. Po jednej z misji sfingował swoją śmierć. Jego dane zostały wykasowane... więc przestał istnieć. Teraz, jako ksiądz prowadzi własną, niebezpieczną rozgrywkę. Zajmuje się ostrzeganiem i ratowaniem agentów rządowych, którzy z różnych przyczyn uznani zostali przez swoich pracodawców za zbędnych bądź niewygodnych.

Tajny oddział agentów FBI zostaje wysłany do stolicy Arabii Saudyjskiej, aby wyjaśnić okoliczności zamachu terrorystycznego.