Filmy morderca, eksplozja, usa, postrzelenie, waszyngton

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Wynalezienie lekarstwa odwracającego proces mutowania prowadzi do odwrócenia biegu historii. Po raz pierwszy mutanty stają przed wyborem: zachować swą unikalność, co oznacza skazanie się na wieczną izolację i alienację, czy też wyrzec się pozyskanej w wyniku mutacji mocy. Przeciwstawne punkty widzenia przywódców mutantów - Charlesa Xaviera, który naucza tolerancji, i Erika Lehnsherra, który wierzy w przetrwanie najsilniejszych, zostają poddane ostatecznej próbie - dochodzi do wojny, która ma rozstrzygnąć wszelkie spory.

Po podbiciu większości Półwyspu Arabskiego przy pomocy fundamentalistycznych wahhabitów, Ibn Saud ustanowił Królestwo Arabi Saudyjskiej. Krajem do dziś rządzi liczna rodzina Saudów, która buduje swoją potęgę na sprzedaży ropy naftowej zachodowi. Związki gospodarcze Królestwa ze Stanami Zjednoczonymi nie podobają się islamskim przywódcom religijnym. Kryzys narasta. Islamscy ekstremiści związani z bin Ladenem przeprowadzają atak terrorystyczny na zamknięte osiedle amerykańskie. Aby zachować wiarygodność Arabia Saudyjska zgadza się na udział w śledztwie czwórki agentów FBI. Współpraca amerykanów z lokalną milicją, która rekrutuje się z wahhabitów od samego początku nie układa się zbyt dobrze, ale obie strony są zdeterminowane do wykrycia sprawców brutalnego zamachu. Terroryści też nie próżnują. Właśnie przygotowują zamach na prowadzących śledztwo agentów i wspierających ich oficerów milicji.

Specjalista ds. ochrony informatycznej Jack Stanfield pracuje w banku Landrock Pacific Bank w Seattle. Cieszący się zaufaniem przełożonych dyrektor swoją karierę i reputację zawdzięcza umiejętności projektowania najskuteczniejszych systemów ochrony informatycznej. Jednak zbudowany przez Jacka system ma jedną słabą stronę, której wcześniej nie brano pod uwagę: jest nią sam Jack. To właśnie w niego postanowił uderzyć bezwzględny i sprytny szef złodziejskiej szajki. Kierowana przez Billa Coksa banda przejmuje kontrolę nad domem Stanfieldów, czyniąc Beth i dzieci zakładnikami w ich własnym domu i zamieniając Jacka w wykonawcę planu zrabowania 100 milionów dolarów z banku Landrock Pacific.