Filmy superbohater, nastoletni bohater, wolverine, walka na pięści, nadprzyrodzona moc

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Wynalezienie lekarstwa odwracającego proces mutowania prowadzi do odwrócenia biegu historii. Po raz pierwszy mutanty stają przed wyborem: zachować swą unikalność, co oznacza skazanie się na wieczną izolację i alienację, czy też wyrzec się pozyskanej w wyniku mutacji mocy. Przeciwstawne punkty widzenia przywódców mutantów - Charlesa Xaviera, który naucza tolerancji, i Erika Lehnsherra, który wierzy w przetrwanie najsilniejszych, zostają poddane ostatecznej próbie - dochodzi do wojny, która ma rozstrzygnąć wszelkie spory.

Profesor Charles Xavier, najpotężniejszy telepata na świecie, założył szkołę, w której "mutanci" uczą się wykorzystywać swoje moce dla dobra całej ludzkości - tej samej, która nie chce uznać ich prawa do życia i samostanowienia... W szkole profesora Xaviera pojawia się dwoje nowych "mutantów": Logan / Rosomak, samotnik ze stalowymi szponami u rąk, który posiadł niezwykłą moc regeneracji i Marie / Ruda, wyalienowana nastolatka, która pochłania siły życiowe i wspomnienia każdego, kogo dotknie. Rosomak i Ruda wstępują w szeregi "X-Menów", którzy stają do walki z dawnym kolegą profesora Xaviera, Erikiem Lehnsherrem zwanym "Magneto". Magneto, dysponujący ogromną mocą "mutant" odwrócił się od społeczeństwa, wyznaje bowiem pogląd, że ludzie i "mutanci" nie mogą pokojowo współistnieć...

Zanim Charles Xavier i Erik Lensherr przybrali imiona Profesor X i Magneto, byli młodymi ludźmi, którzy odkryli w sobie niezwykłe moce. Nim zostali zaciętymi wrogami, byli bliskimi przyjaciółmi, którzy połączyli swe siły z innymi Mutantami, aby zapobiec największemu zagrożeniu, przed którym stanął świat. Wkrótce jednak rozdzielił ich konflikt, który doprowadził do wybuchu wiecznej wojny między Bractwem skupionym wokół Magneto a grupą X-Men, której przewodził Profesor X.