Filmy zdrada, morderca, upadek z wysokości, prolog, eksplozja, złamanie, lewitacja, nastolatek, naukowiec, wypadek samochodowy, domniemana śmierć, nabicie na pal

Po tym, jak wynaleziona zostaje skuteczna kuracja niwelująca działanie genu „X” odpowiedzialnego za mutację, rząd rozpoczyna wdrażać w życie program szczepień mutantów, którzy zechcą dobrowolnie poddać się leczeniu. Braterstwo pod przewodnictwem „Magneto” uznaje tę propozycję za poważne zagrożenie i wkrótce okazuje się, że nie były to płonne obawy. Profesor Xavier, przywódca X-manów i dyrektor ośrodka szkoleniowego dla uzdolnionej młodzieży zostaje niespodziewanie skonfrontowany z faktem, że Jean Grey, która była uznana za zmarłą, nagle powraca jako obdarzona niespotykaną siłą, ale niestabilna emocjonalnie Phoenix. Film dotyka tematu inżynierii genetycznej i sposobu wykorzystania możliwości tkwiących w tej dziedzinie nauki, włączając w to rozważanie moralny aspekt działania w tym zakresie.