Po niedokończonym pojedynku na arenie Toshinden Eiji Shinjo szuka swojego przeciwnika zwanego Gaia oraz zaginionego brata. W tym samym czasie rządząca tajemniczą organizacją Uranus, wysyła swoje cyborgi, by zbierali dane podczas pojedynków z najlepszymi wojownikami. Nie mając innego wyjścia Eiji, Gaia oraz pozostali uczestnicy turnieju muszą zjednoczyć siły by ją powstrzymać.