Trzy małe lokomotywy mieszkają w tytułowym miasteczku Stacyjkowo. Wilson jest zawsze pełen entuzjazmu i energii, uważnie słucha instrukcji, ciekawy świata i chętny do nauki. Koko to lokomotywa przeznaczona do szybkiej jazdy. Uwielbia wycieczki i wyścigi. Brewster jest silną, elektryczno-spalinową lokomotywą, przeznaczoną do przewozu ciężkich ładunków. Zawsze zadaje wiele pytań. Przygody, które wspólnie przeżywają, uczą ich tego, co jest w życiu najważniejsze, dowiadują się, czym jest odpowiedzialność, oraz poznają znaczenie prawdziwej przyjaźni.
Takumi Nishijou to nastolatek, samotnik mieszkający w prowizorycznym pokoju, za który służy mu kontener umieszczony na dachu budynku. Całymi dniami przesiaduje przy komputerze, grając i oglądając anime, unikając szkoły oraz innych ludzi.
Tymczasem w mieście dochodzi do dziwnych morderstw nazwanych "Szaleństwem Nowej Generacji". Takumi nie jest jednak zainteresowany tą sprawą, aż do dnia, kiedy dostaje linki ze zdjęciem, na którym znajduje się kolejna ofiara tychże morderstw...
We włoskim podziemiu trwają przygotowania do boju: małe snajperki ruszają do walki z powszechnym szaleństwem terroryzmu. Każdy ich atak kończy się bezlitosnym rozgromieniem wrogów. Śmiercionośne dziewczynki to w rzeczywistości zmodyfikowane biotechnologicznie zabójcze dzieci, należące do elitarnej jednostki rządowej. Henrietta, Triela, Claes, Angelica i Priscilla ścigają fanatycznych Republikanów, pragną jednocześnie odzyskać utracone wspomnienia...