Jest rok 2046. Na Ziemi panują nowe warunki i zasady. Odkąd trzydzieści lat temu najechały ją różne gatunki obcych istot z kosmosu, jej krajobraz i środowisko zmieniły się nie do poznania. Do miasta Defiance, niegdyś zwanego St. Louis, przybywa tajemniczy Nolan (Grant Bowler) ze swoją podopieczną Irisą (Stephanie Leonidas).
Stephen Jameson (Robbie Amell) do czasu był zwyczajnym nastolatkiem. Gdy rok temu zaczął słyszeć głosy w głowie, matka rozpoczęła jego leczenie psychiatryczne. Ale okazuje się, że to nie choroba trapi Stephena, tylko aktywują się jego nadprzyrodzone moce. Dowiaduje się od Ludzi Jutra, że jest jednym z nich, przedstawicielem kolejnego gatunku ludzi. Z tymi zdolnościami związane jest także śmiertelne zagrożenie, bowiem na podobnych Stephenowi osobników poluje paramilitarna grupa naukowców nosząca nazwę Ultra.
Najpotężniejsze Pandory z całego świata zostają zebrane w tajnym kompleksie, gdzie przeprowadzane są prace nad przystosowaniem stygmatów do niekompatybilnych kobiet. Początkowo projekt wydaje się wybawieniem, ale z czasem okazuje się, że jest on śmiertelnie niebezpieczny i stanowi wielkie zagrożenie.
Mikoto trafia na trop tajnego projektu, w którym miałaby zostać sklonowana, oraz odkrywa plany podbicia Miasta Akademickiego przy pomocy armii esperów.