Filmy upadek z wysokości, antybohater, przyszłość, kontrola umysłu

Akcja filmu rozgrywa się w przyszłości, w nieznanym mieście, choć niektóre szczegóły mogą wskazywać, że jest to Londyn bądź Nowy Jork. Obraz opowiada historię Alexa DeLarge, młodego, inteligentnego człowieka z dobrze ułożonej rodziny, miłośnika muzyki klasycznej (przede wszystkim Beethovena), zadawania gwałtu i przemocy. Alex jest przywódcą małej grupy podobnych mu przestępców. Podczas jednego z napadów wspólnicy Alexa zdradzają go i pozwalają mu wpaść w ręce policji. Oskarżony o morderstwo zostaje skazany na karę więzienia. Po dwóch latach zgadza się wziąć udział w eksperymencie, mającym na celu szybką resocjalizację więźniów przy pomocy tzw. techniki Ludovica.

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.