Filmy śmierć, wiadomości telewizyjne, usa, waszyngton, sztuka walki

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Po tym, jak wynaleziona zostaje skuteczna kuracja niwelująca działanie genu "X" odpowiedzialnego za mutację, rząd rozpoczyna wdrażać w życie program szczepień mutantów, którzy zechcą dobrowolnie poddać się leczeniu. Braterstwo pod przewodnictwem Magneto uznaje tą propozycję za poważne zagrożenie i wkrótce okazuje się, że nie były to płonne obawy. Prof. Xavier, przywódca X-manów i dyrektor ośrodka szkoleniowego dla uzdolnionej młodzieży zostaje niespodziewanie skonfrontowany z faktem, że Jean Grey, która była uznana za zmarłą nagle powraca jako obdarzona niespotykaną siłą, ale niestabilna emocjonalnie Phoenix. Film dotyka tematu inżynierii genetycznej i sposobu wykorzystania możliwości tkwiących w tej dziedzinie nauki, włączając w to rozważanie moralny aspekt działania w tym zakresie.

Zagadnięty, major Bennett Marco (Frank Sinatra) powie, że sierżant Raymond Shaw (Laurence Harvey) jest bohaterem zasługującym na Order Honorowy. Jednak wbrew temu, co mówi, Marco ma mieszane uczucia. Dziwaczny, powtarzający się senny koszmar wywołuje u niego niepokojące przeczucie, że w Shawie jest coś bardziej zdradzieckiego, niż heroicznego. Czy to możliwe, by Shaw był zdrajcą? Czy Marco zdoła przekonać armię do swych podejrzeń? Jaką rolę odegra w tym wszystkim zwariowana na punkcie władzy matka Shawa (Angela Lansbury)? Wiele pytań. A czasu tak mało...