Filmy zdrada, śmierć, samolot, usa, waszyngton

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Po tym, jak wynaleziona zostaje skuteczna kuracja niwelująca działanie genu "X" odpowiedzialnego za mutację, rząd rozpoczyna wdrażać w życie program szczepień mutantów, którzy zechcą dobrowolnie poddać się leczeniu. Braterstwo pod przewodnictwem Magneto uznaje tą propozycję za poważne zagrożenie i wkrótce okazuje się, że nie były to płonne obawy. Prof. Xavier, przywódca X-manów i dyrektor ośrodka szkoleniowego dla uzdolnionej młodzieży zostaje niespodziewanie skonfrontowany z faktem, że Jean Grey, która była uznana za zmarłą nagle powraca jako obdarzona niespotykaną siłą, ale niestabilna emocjonalnie Phoenix. Film dotyka tematu inżynierii genetycznej i sposobu wykorzystania możliwości tkwiących w tej dziedzinie nauki, włączając w to rozważanie moralny aspekt działania w tym zakresie.

Sierżant Johnny Gallagher (Gene Hackman) ma eskortować z Europy do Stanów Zjednoczonych zbuntowanego amerykańskiego żołnierza, by postawić go przed sądem wojskowym. Zadanie wygląda na rutynowe. Nic bardziej mylącego. Gallagher wkrótce odkrywa, że znalazł się w samym środku spisku wojskowego. Czas płynie szybko. Zbliża się szczyt mocarstw i Gallagher musi się bardzo spieszyć, by rozwikłać zagadkę zanim będzie za późno.

W okupowanym przez nazistów Paryżu, młoda akompaniatorka Sophie Vasseur dostaje pracę u słynnej piosenkarki Ireny Brice. Gdy mąż Ireny, Charles, biznesmen współpracujący z nazistami, walczy z własnym sumieniem, Irena staje się obsesją Sophie...