Filmy zdrada, ratunek, eksplozja, surrealizm, eksperyment, nastolatek

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Po tym, jak wynaleziona zostaje skuteczna kuracja niwelująca działanie genu "X" odpowiedzialnego za mutację, rząd rozpoczyna wdrażać w życie program szczepień mutantów, którzy zechcą dobrowolnie poddać się leczeniu. Braterstwo pod przewodnictwem Magneto uznaje tą propozycję za poważne zagrożenie i wkrótce okazuje się, że nie były to płonne obawy. Prof. Xavier, przywódca X-manów i dyrektor ośrodka szkoleniowego dla uzdolnionej młodzieży zostaje niespodziewanie skonfrontowany z faktem, że Jean Grey, która była uznana za zmarłą nagle powraca jako obdarzona niespotykaną siłą, ale niestabilna emocjonalnie Phoenix. Film dotyka tematu inżynierii genetycznej i sposobu wykorzystania możliwości tkwiących w tej dziedzinie nauki, włączając w to rozważanie moralny aspekt działania w tym zakresie.

Komedia kryminalna o utalentowanym Adrianie Monku (Tony Shalhoub), który cierpi na nerwicę natręctw. Zachorował od czasu brutalnego zamordowania jego żony, po którym zrezygnował z pracy policjanta, a zajął się pracą detektywa. Jego choroba objawia się różnymi bezpodstawnymi fobiami, np. lękiem przed zarazkami, wysokością, tłumem, mlekiem, zamkniętymi pomieszczeniami. Monk nie znosi też kontaktów fizycznych z innymi ludźmi. Ponadto przejawia również skłonności pedantyczne. W pracy jest geniuszem. Posiada doskonałą pamięć wzrokową, oraz umiejętność zauważania nawet najmniejszych śladów i kojarzenia ich ze sobą. Pomaga mu jego pielęgniarka Sharona, która nie tylko opiekuję się Monkiem, ale również jest jego bliską przyjaciółką, pocieszycielką i terapeutką. Posiadający talent do rozwiązywania zagadek i łamigłówek detektyw, świetnie radzi sobie ze wszystkimi sprawami. Wszystkimi oprócz jednej - dotyczącej śmierci żony...