Filmy śmierć, teleportacja, przemiana, nadprzyrodzona moc

Nowy Jork, rok 1985. Świat ogarnięty jest strachem i paranoją. Ludzie, którzy kiedyś nosili maski, by walczyć z przestępczością, teraz są pozbawionymi praw banitami, ukrywającymi swoją tożsamość. Jedynie nieliczni pracują dla ludzkości, pod ścisłą kontrolą rządu Stanów Zjednoczonych. Pewnego dnia, w tajemniczych okolicznościach, ginie Komediant, jeden z najbardziej znanych superbohaterów, wypchnięty z 30 piętra swojego apartamentu. Rorschach, jego dawny kompan, rozpoczyna śledztwo. Jest przekonany, że jego śmierć nie była przypadkowa. Podejrzewa, że ktoś pozbywa się bohaterów, a jego pierwszym celem był właśnie Komediant. Zamierza przestrzec członków grupy, którzy kiedyś walczyli u jego boku...

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Obdarzony regeneracyjnymi zdolnościami mutant przemierza kolejne lata szukając życiowego celu, zamiast tego odnajduje go wojsko.

Ewolucja idzie do przodu. Mutacje genów niektórych ludzi powodują, że mają oni zdolności, których inni mogliby tylko pozazdrościć. Rozsiani po całym świecie, nieznający się wzajemnie, jeszcze nie wiedzą, że ich "dary" zostaną wykorzystane do ocalenia świata, do obrony przed tajemniczym Sylarem.

W świecie pełnym strachu przed wrogimi mutantami rodzi się grupa ludzi o nadzwyczajnych, nieprawdopodobnych umiejętnościach. By mogli oni trenować i doskonalić swoje moce bez obaw o własne życie, profesor Xavier tworzy dla nich na terenie własnej posiadłości Szkołę Młodych Talentów. Od tej pory jako grupa X-Men muszą walczyć o swoje prawa z nadzieją, że uda im się uczynić świat bezpieczniejszym, a ludzie i mutanci wreszcie będą mogli żyć razem w zgodzie i harmonii. Jednak podczas gdy X-Men pod wodzą swojego mentora walczą o pokój, są też tacy, którzy starają się wyeliminować ludzką rasę, aby zrobić miejsce dla istot wyższych - mutantów. Od tej pory zacięta walka toczy się już nie tylko między dwoma gatunkami...