Akcja filmu toczy się bezpośrednio, po wydarzeniach z poprzedniej części. Reggie samotnie podróżuje po stanach, poszukiwaniu Tall Mana. Tymczasem Mike wciągnięty w wir czasowy, poznaje jego przeszłość. Do ich spotkania dochodzi gdzieś na pustyni, gdzie znajduje się ostania brama do innego wymiaru. Jednak by ją zamknąć, przyjaciele będą musieli jeszcze raz, pokonać złego Tall Mana.
Świat, w którym pozycję społeczną człowieka określa jego skala popularności podawana przez telewizję, świat wszechobecnych kamer i monitorów. Jest rok 2025. Prezydentem Stanów Zjednoczonych wybrano Chelsea Clinton, a sportem narodowym Amerykanów stał się future sport – gra zespołowa wyglądająca niczym połączenie koszykówki i hokeja z akrobatyczną jazdą na deskorolce. Trwają właśnie mistrzostwa świata, gdy zamachu dokonują rewolucjoniści z Ruchu Wyzwolenia Hawajów mający poparcie rządzącej na wschodniej półkuli Komunistycznej Unii Pacyfiku. Gwiazda mistrzostw, Tre Ramzey wpada na pomysł, by nieuchronny konflikt wojenny zastąpić meczem future sportu.
Z tajnego, rządowego laboratorium uciekają dwie genetycznie modyfikowane istoty. Jedną z nich jest super inteligentny labrador, a drugą przerażający mutant. Monstrum połączone telepatycznie z psem podąża za nim chcąc go zabić, a przy okazji każdego kto miał z nim kontakt. Nieświadomy niczego Murphy, przygarnia go po śmierci swojego kolegi.
Głównym bohaterem jest Yu Ominae - numer jeden wśród sprigganów. Mając 16 lat prowadzi podwójne życie jako uczeń szkoły oraz jako niebywale silny i zwinny agent Arcamu. Amerykanie dowiedziawszy się o odkryciu pragną przejąć Arkę. Zadaniem młodziutkiego Yu jest im w tym przeszkodzić.
Sherry Burton zostaje zapłodniona przez kosmitów eksperymentujących na ludziach. Kilka tygodni później jej mąż Dr. Craig Burton odkrywa, że Sherry jest w ciąży, jednak po dokładnych badaniach okazuje się, że płód nie jest normalny.
Po samobójczej śmierci starszego syna rodzina Clarków przenosi się do malowniczego miasteczna Cradle Bay. Steve Clark, młodszy brat zmarłego, musi przywyknąć do nowego środowiska, nowej szkoły i nowych kolegów. Ci ostatni zdają się w niczym nie przypominać zwykłych nastolatków - nie piją, nie palą, nie zażywają narkotyków, a cały swój wolny czas poświęcają na naukę i prace społeczne. Są tak doskonali, że aż nienaturalni. Z pomocą nowych przyjaciół Steve odkryje przerażający sekret miasteczka Cradle Bay. Okaże się bowiem, że za zgodą rodziców szkolny psychiatra przeprowadza na uczniach operacje mózgu, po których raz na zawsze zapominają oni o swych wcześniejszych nawykach. Nie ma chwili do stracenia, następni w kolejce do podpisania stosownych papierów są bowiem rodzice Steve'a...
W Afryce rozbija się sonda przenosząca wirusa, pochodzącego z przelatującej w pobliżu ziemi komety. Mikrob szybko wywołuje zarazę, która zabiją większość populacji. Próbę wynalezienia szczepionki podejmuje para naukowców John Dennie i Anna Pontaine. Jednak John szybko odkrywa, że katastrofa wcale nie była przypadkiem, a za wszystko odpowiedzialny jest Generał Wallace. Próbując go powstrzymać John niszczy swoje laboratorium i wyrusza do kryjówki generała. Na jego drodze staje jednak Anna.
Doktor Jahan naraża się wpływowemu gangsterowi, który zabija mu córkę, a jego samego zostawia postrzelonego by zginął. Chcąc go uratować, grupa naukowców poddaje go eksperymentalnej kuracji, która nie tylko ratuje mu życie, ale i daje nadludzką siłę. Jahan przywdziewa specjalny pancerz i wyrusza na ulicę walczyć z bandytami, a przy okazji dokonać zemsty.
Kam, genetycznie "poprawiony" klon stworzony do zadań specjalnych, jest równie piękna, co niebezpieczna. Zmienia skórę, jak rękawiczki, wtapia się w każde otoczenie, ma wzrok sokoła i węch drapieżcy. Kiedy znika ważny mikrochip, otrzymuje rozkaz, by go bezwzględnie odzyskać. Jej twórcy nie przewidzieli jednak, że Kam może mieć własne uczucia i plany. Spotkanie z wplątanym w aferę chłopcem wyzwala w niej wulkan niekontrolowanych emocji. Klon zmienia cel swej misji. Wbrew rozkazom postanawia ocalić chłopca. Cena nie gra roli...
Vash the Stampede jest powszechnie znany jako osoba siejąca zniszczenie. Dalszym wyrządzanym przez niego szkodom mają zapobiec dwie pracownice towarzystwa ubezpieczeniowego – Meryl i Milly. Ku ich zdziwieniu ów rozrabiaka okazuje się człowiekiem miłym i wiecznie uśmiechniętym. Za uśmiechem tym skrywana jest jednak wielka tajemnica.