Akcja filmu toczy się bezpośrednio, po wydarzeniach z poprzedniej części. Reggie samotnie podróżuje po stanach, poszukiwaniu Tall Mana. Tymczasem Mike wciągnięty w wir czasowy, poznaje jego przeszłość. Do ich spotkania dochodzi gdzieś na pustyni, gdzie znajduje się ostania brama do innego wymiaru. Jednak by ją zamknąć, przyjaciele będą musieli jeszcze raz, pokonać złego Tall Mana.
W małym miasteczku zostaje zamordowany wybitny sportowiec, człowiek wszechstronnie uzdolniony. Jego krew zostaje pobrana do eksperymentów genetycznych dotyczących klonowania ludzi. Tego samego dnia pobrano krew młodemu pisarzowi Marty'emu. Omyłkowo próbki zostają zamienione.
Doktor Nico Tatopoulos i jego zespół przemierza świat w poszukiwaniu wszelkiej maści potworów. Zazwyczaj okazują się one wrogo usposobione do ludzi, ale gdy tylko cos zagraża doktorowi na ratunek przybywa mu król potworów Godzilla.
Sherry Burton zostaje zapłodniona przez kosmitów eksperymentujących na ludziach. Kilka tygodni później jej mąż Dr. Craig Burton odkrywa, że Sherry jest w ciąży, jednak po dokładnych badaniach okazuje się, że płód nie jest normalny.
Doktor Jahan naraża się wpływowemu gangsterowi, który zabija mu córkę, a jego samego zostawia postrzelonego by zginął. Chcąc go uratować, grupa naukowców poddaje go eksperymentalnej kuracji, która nie tylko ratuje mu życie, ale i daje nadludzką siłę. Jahan przywdziewa specjalny pancerz i wyrusza na ulicę walczyć z bandytami, a przy okazji dokonać zemsty.
Z tajnego, rządowego laboratorium uciekają dwie genetycznie modyfikowane istoty. Jedną z nich jest super inteligentny labrador, a drugą przerażający mutant. Monstrum połączone telepatycznie z psem podąża za nim chcąc go zabić, a przy okazji każdego kto miał z nim kontakt. Nieświadomy niczego Murphy, przygarnia go po śmierci swojego kolegi.
Szesnastoletni Yu Ominae jest japońskim sprigganem obdarzonym nadludzkimi zdolnościami, agentem organizacji strzegącej artefaktów, które tysiące lat temu pozostawiła na Ziemi obca cywilizacja. Powodzenie kolejnej misji zadecyduje o losach świata. Amerykanie namierzyli i chcą przejąć Arkę Noego. Yu musi zrobić wszystko, by do tego nie dopuścić.
W Afryce rozbija się sonda przenosząca wirusa, pochodzącego z przelatującej w pobliżu ziemi komety. Mikrob szybko wywołuje zarazę, która zabiją większość populacji. Próbę wynalezienia szczepionki podejmuje para naukowców John Dennie i Anna Pontaine. Jednak John szybko odkrywa, że katastrofa wcale nie była przypadkiem, a za wszystko odpowiedzialny jest Generał Wallace. Próbując go powstrzymać John niszczy swoje laboratorium i wyrusza do kryjówki generała. Na jego drodze staje jednak Anna.
Podwodne trzęsienia ziemi powiększają jeden z rowów oceanicznych i uwalniają żyjące tam gigantyczne jaszczury. Jakiś czas później jeden z nich atakuje wypoczywających na pobliskiej wyspie Malau wczasowiczów. Policja i przebywający tam właśnie biolog Jack Ellway, łapią go i zamykają w klatce. To jednak dopiero początek kłopotów, bo w głębinach czają się znacznie większe osobniki.
Po samobójczej śmierci starszego syna rodzina Clarków przenosi się do malowniczego miasteczna Cradle Bay. Steve Clark, młodszy brat zmarłego, musi przywyknąć do nowego środowiska, nowej szkoły i nowych kolegów. Ci ostatni zdają się w niczym nie przypominać zwykłych nastolatków - nie piją, nie palą, nie zażywają narkotyków, a cały swój wolny czas poświęcają na naukę i prace społeczne. Są tak doskonali, że aż nienaturalni. Z pomocą nowych przyjaciół Steve odkryje przerażający sekret miasteczka Cradle Bay. Okaże się bowiem, że za zgodą rodziców szkolny psychiatra przeprowadza na uczniach operacje mózgu, po których raz na zawsze zapominają oni o swych wcześniejszych nawykach. Nie ma chwili do stracenia, następni w kolejce do podpisania stosownych papierów są bowiem rodzice Steve'a...