Po niedokończonym pojedynku na arenie Toshinden Eiji Shinjo szuka swojego przeciwnika zwanego Gaia oraz zaginionego brata. W tym samym czasie rządząca tajemniczą organizacją Uranus, wysyła swoje cyborgi, by zbierali dane podczas pojedynków z najlepszymi wojownikami. Nie mając innego wyjścia Eiji, Gaia oraz pozostali uczestnicy turnieju muszą zjednoczyć siły by ją powstrzymać.
Kakugo i Harara to rodzeństwo wyszkolone do walki z potworami grasującymi w postapokaliptycznym Tokio XXI wieku. By zwiększyć ich możliwości otrzymują egzoszkielety, wykute z duszy zmarłych wojowników. Niestety Harara ulega złu ukrytemu w zbroi i przechodzi na stronę ciemności. Jakiś czas później Kakugo przybywa do Tokyo, gdzie musi zmierzyć się z mutantami swojej siostry.