200 lat po wydarzeniach przedstawionych w ORGUSS 1, dwa światowe mocarstwa Zafran i Revillia łamią kruchy rozejm i rozpoczynają ze sobą wojnę, podczas której używają pancerzy wspomaganych, zwanych Decimatorami. Młody mechanik Lean dołącza do armii Revilli i w trakcie jednej z misji poznaje tajemniczą Natarumę, która jest kluczem do odesłania wszystkich Decimatorów do innego świata.
W niedalekiej przyszłości android zwany Czarnym Królem wznieca bunt robotów i podbija większość Ziemi. Jego plany zakłóca pojawienie się tajemniczego Casshana, cyborga, w którego przekształcił się Tetsuya Azuma. Podczas swojej walki spotyka dawną ukochaną Lunę, która pomaga mu w zmaganiach z robotami i zachowaniu człowieczeństwa.