Na ulicy fikcyjnego, europejskiego Besźel zostaje odnalezione ciało studentki pochodzącej z bliźniaczego miasta Ul Qoma. Dwa ośrodki miejskie, choć istnieją w tej samej przestrzeni, z przyczyn historycznych od dawna się ignorują. Dostrzeganie ludzi i rzeczy należących do tego "drugiego" miasta jest uważane za najpoważniejsze przestępstwo. Wkrótce udaje się zidentyfikować ofiarę jako Mahalię Geary, zamieszaną w polityczne i kulturowe zawirowania między Besźel i Ul Qoma
Serial opowiada o Junim i jego siostrze Carmen, którzy szkolą się w Akademii Szpiegów - ściśle tajnej szkole dla małych agentów. Kiedy na horyzoncie pojawia się konkurencyjna organizacja szpiegowska S.W.A.M.P., która zagraża bezpieczeństwu świata, Juni i Carmen muszą wziąć sprawy w swoje ręce i przeszkolić kolegów i koleżanki, by wspólnie stawić czoła S.W.A.M.P. i jej diabolicznemu przywódcy o pseudonimie Złoty Mózg. Drużyna Kluczowej misji nie jest być może w pełni gotowa, ale tylko ona może stanąć na wysokości zadania, gdy nie można liczyć na dorosłych agentów!