W miasteczku, w Oregonie giną nastolatkowie z jednej klasy. Mulder podejrzewa porwania przez kosmitów. Mulder głęboko wierzy w istnienie istot pozaziemskich i innych niewytłumaczalnych zjawisk, będących przedmiotami ich śledztw. Praca w Archiwum X jest dla niego próbą wyjaśnienia zagadki zaginięcia swojej siostry, która - jak twierdzi Mulder - została porwana przez obcych. Scully natomiast, jako naukowiec, jest bardzo sceptycznie nastawiona do wszelkich badanych przez nich spraw, choć w toku wydarzeń sama także zaczyna wierzyć w paranormalne zjawiska. Z czasem do Muldera i Scully dołączają agenci John Doggett i Monica Reyes tworząc drugi duet pracowników Archiwum X.

Głębokie gardło Mulder i Scully badają zaginięcie pilota wojskowego pracującego w tajnej bazie lotniczej. Trafiają na trop eksperymentalnych samolotów. Mulder podejrzewa, że wojsko wykorzystuje technologie ze statku z Roswell.

Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie serii tajemniczych zabójstw, przy czym nie wiadomo, w jaki sposób morderca przedostaje się na miejsce zbrodni. Głównym podejrzanym jest niejaki Eugene Victor Tooms, całkiem przeciętny dozorca. Mulder podejrzewa jednak, że człowiek ten jest mutantem, który zabija swojej ofiary i pozyskuje ich wątroby, w celu przedłużania sobie życia.

W małym miasteczku w stanie Iowa, znanym z dużej aktywności UFO, znika dziewczyna, w okolicznościach zbliżonych do zaginięcia siostry agenta Muldera. Młodszy brat zaginionej, który był świadkiem zajścia, zaczyna odkodowywać szum pochodzący z przekazu satelitarnego. Mulder wierzy, że jest to klucz do rozwiązania zagadki.

Zabójstwo pewnego bezdomnego mężczyzny, które w szczegółach bardzo przypomina zbrodnię popełnioną w 1947 roku, naprowadza Muldera i Scully na ślad legendarnej bestii, znanej jako Diabeł z Jersey, która od 40 lat grasuje po lasach okalających Atlantic City.

Agenci zajmują się sprawą Lauren, w której otoczeniu zmarły ostatnio trzy osoby. Mulder podejrzewa, że w grę mogą wchodzić zjawiska psychokinetyczne. Uważa również, że w sprawę zamieszany jest duch byłego szefa młodej kobiety, którego śmierć uznano za samobójstwo, a w istocie został on zamordowany i teraz stara się ją chronić przed swoim byłym wspólnikiem. Scully pozostaje sceptyczna.

W nowoczesnym biurowcu dochodzi do niewyjaśnionych, śmiertelnych wypadków. Mulder i Scully odkrywają, że może być w to zamieszany system komputerowy zarządzający budynkiem który zyskał własną świadomość.

Mulder i Scully prowadzą dochodzenie w stacji badawczej na Antarktydzie. Okazuje się, że zarówno im jak i ekipie naukowców zagraża pasożyt niewiadomego pochodzenia który potrafi przejąć kontrolę nad ludzkimi umysłami.

Wskutek sabotażu misja promu kosmicznego kończy się fiaskiem. Agent Mulder zaczyna podejrzewać, że jeden z astronautów został opętany przez pozaziemską, niematerialną istotę. Sytuację komplikuje fakt, że jest nim pułkownik Marcus Belt którego Fox podziwia od czasów dzieciństwa.

Mulder otrzymuje informacje, że nieznany obiekt latający rozbił się w Townsend. Agent na własną rękę rozpoczyna śledztwo w obszarze objętym rządową kwarantanną, próbując odnaleźć pilota statku szybciej od wojskowych.

Mulder i Scully prowadzą poszukiwania dwóch zaginionych i bliźniaczo podobnych do siebie dziewczyn. Okazuje się, że ich ojcowie zostali zabici w identyczny sposób, jednak to dopiero początek zaskakujących odkryć.

W tym odcinku agenci Archiwum X pracują wraz z inspektorem ze Scotland Yardu. Mają odnaleźć człowieka, który potrafi wzniecać ogień siłą umysłu, i który wybrał na swe ofiary członków brytyjskiej arystokracji.