Filmy eksperyment, naukowiec, nadprzyrodzona moc, pułapka

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Para detektywów zostaje przydzielona do wyjaśnienia szeregu spraw paranormalnych.

W 2036 podczas pracy badawczych na pustyni Nevada archeolodzy odkryli portal na Marsa, prowadzący do starożytnego miasta. Portal nazwano Arką. 20 lat później ciągle zadawano sobie pytanie jaki był cel zbudowania tego portalu i co stało się z cywilizacją, która go zbudowała. W Olduvai, stacji badawczej na Marsie dochodzi do dramatycznych wydarzeń, naukowcy zespołu "Aerospace" prowadzący badania nad ściśle tajnym projektem 6627 zostają zaatakowani przez tajemniczą siłę. Jednemu z członków załogi udaje się przesłać komunikat o naruszeniu bezpieczeństwa, który dociera do kwatery głównej specjalnego oddziału marines w Kalifornii. Zostaje ogłoszona kwarantanna obiektu, a żołnierze mają zadanie odzyskać mienie należące do rządu amerykańskiego, a w razie konieczności dokonać eksterminacji pozostałych przy życiu, ukrytych w zamkniętej strefie na najwyższym poziomie stacji.

Obdarzony regeneracyjnymi zdolnościami mutant przemierza kolejne lata szukając życiowego celu, zamiast tego odnajduje go wojsko.