Filmy zdrada, superbohater, x-men, bar, nadprzyrodzona moc

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Obdarzony regeneracyjnymi zdolnościami mutant przemierza kolejne lata szukając życiowego celu, zamiast tego odnajduje go wojsko.

Profesor Charles Xavier, najpotężniejszy telepata na świecie, założył szkołę, w której "mutanci" uczą się wykorzystywać swoje moce dla dobra całej ludzkości - tej samej, która nie chce uznać ich prawa do życia i samostanowienia... W szkole profesora Xaviera pojawia się dwoje nowych "mutantów": Logan / Rosomak, samotnik ze stalowymi szponami u rąk, który posiadł niezwykłą moc regeneracji i Marie / Ruda, wyalienowana nastolatka, która pochłania siły życiowe i wspomnienia każdego, kogo dotknie. Rosomak i Ruda wstępują w szeregi "X-Menów", którzy stają do walki z dawnym kolegą profesora Xaviera, Erikiem Lehnsherrem zwanym "Magneto". Magneto, dysponujący ogromną mocą "mutant" odwrócił się od społeczeństwa, wyznaje bowiem pogląd, że ludzie i "mutanci" nie mogą pokojowo współistnieć...

Hugh Jackman ponownie w roli tajemniczego, obdarzonego niezwykła mocą Wolverine'a, który wyrusza do współczesnej Japonii. Stawia tam czoła nie tylko obcej kulturze, lecz także śmiertelnie groźnym wrogom, którzy gotowi są na wszystko, by go zniszczyć. Wolverine odkryje swoje słabości, zyskując przy tym siłę, o której dotąd mógł tylko marzyć, a jego los zmieni się na zawsze...

Zanim Charles Xavier i Erik Lensherr przybrali imiona Profesor X i Magneto, byli młodymi ludźmi, którzy odkryli w sobie niezwykłe moce. Nim zostali zaciętymi wrogami, byli bliskimi przyjaciółmi, którzy połączyli swe siły z innymi Mutantami, aby zapobiec największemu zagrożeniu, przed którym stanął świat. Wkrótce jednak rozdzielił ich konflikt, który doprowadził do wybuchu wiecznej wojny między Bractwem skupionym wokół Magneto a grupą X-Men, której przewodził Profesor X.