Filmy zdrada, śmierć, superbohater, x-men, nadprzyrodzona moc

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Wynalezienie lekarstwa odwracającego proces mutowania prowadzi do odwrócenia biegu historii. Po raz pierwszy mutanty stają przed wyborem: zachować swą unikalność, co oznacza skazanie się na wieczną izolację i alienację, czy też wyrzec się pozyskanej w wyniku mutacji mocy. Przeciwstawne punkty widzenia przywódców mutantów - Charlesa Xaviera, który naucza tolerancji, i Erika Lehnsherra, który wierzy w przetrwanie najsilniejszych, zostają poddane ostatecznej próbie - dochodzi do wojny, która ma rozstrzygnąć wszelkie spory.

Obdarzony regeneracyjnymi zdolnościami mutant przemierza kolejne lata szukając życiowego celu, zamiast tego odnajduje go wojsko.

Hugh Jackman ponownie w roli tajemniczego, obdarzonego niezwykła mocą Wolverine'a, który wyrusza do współczesnej Japonii. Stawia tam czoła nie tylko obcej kulturze, lecz także śmiertelnie groźnym wrogom, którzy gotowi są na wszystko, by go zniszczyć. Wolverine odkryje swoje słabości, zyskując przy tym siłę, o której dotąd mógł tylko marzyć, a jego los zmieni się na zawsze...

Zanim Charles Xavier i Erik Lensherr przybrali imiona Profesor X i Magneto, byli młodymi ludźmi, którzy odkryli w sobie niezwykłe moce. Nim zostali zaciętymi wrogami, byli bliskimi przyjaciółmi, którzy połączyli swe siły z innymi Mutantami, aby zapobiec największemu zagrożeniu, przed którym stanął świat. Wkrótce jednak rozdzielił ich konflikt, który doprowadził do wybuchu wiecznej wojny między Bractwem skupionym wokół Magneto a grupą X-Men, której przewodził Profesor X.

W świecie pełnym strachu przed wrogimi mutantami rodzi się grupa ludzi o nadzwyczajnych, nieprawdopodobnych umiejętnościach. By mogli oni trenować i doskonalić swoje moce bez obaw o własne życie, profesor Xavier tworzy dla nich na terenie własnej posiadłości Szkołę Młodych Talentów. Od tej pory jako grupa X-Men muszą walczyć o swoje prawa z nadzieją, że uda im się uczynić świat bezpieczniejszym, a ludzie i mutanci wreszcie będą mogli żyć razem w zgodzie i harmonii. Jednak podczas gdy X-Men pod wodzą swojego mentora walczą o pokój, są też tacy, którzy starają się wyeliminować ludzką rasę, aby zrobić miejsce dla istot wyższych - mutantów. Od tej pory zacięta walka toczy się już nie tylko między dwoma gatunkami...