Filmy zdrada, eksplozja, superbohater, x-men, morderstwo, nadprzyrodzona moc

Hugh Jackman ponownie w roli tajemniczego, obdarzonego niezwykła mocą Wolverine'a, który wyrusza do współczesnej Japonii. Stawia tam czoła nie tylko obcej kulturze, lecz także śmiertelnie groźnym wrogom, którzy gotowi są na wszystko, by go zniszczyć. Wolverine odkryje swoje słabości, zyskując przy tym siłę, o której dotąd mógł tylko marzyć, a jego los zmieni się na zawsze...

Charles Xavier (James McAvoy) posiada niezwykłą moc telepatii. Zostaje poproszony przez CIA o pomoc w złapaniu innych ludzi obdarzonych nadprzyrodzonymi mocami, którzy zagrażają bezpieczeństwu narodowemu USA. Młody profesor zaczyna rekrutować innych mutantów, którzy mu pomogą w walce z niebezpiecznymi osobnikami.

Po tym, jak wynaleziona zostaje skuteczna kuracja niwelująca działanie genu "X" odpowiedzialnego za mutację, rząd rozpoczyna wdrażać w życie program szczepień mutantów, którzy zechcą dobrowolnie poddać się leczeniu. Braterstwo pod przewodnictwem Magneto uznaje tą propozycję za poważne zagrożenie i wkrótce okazuje się, że nie były to płonne obawy. Prof. Xavier, przywódca X-manów i dyrektor ośrodka szkoleniowego dla uzdolnionej młodzieży zostaje niespodziewanie skonfrontowany z faktem, że Jean Grey, która była uznana za zmarłą nagle powraca jako obdarzona niespotykaną siłą, ale niestabilna emocjonalnie Phoenix. Film dotyka tematu inżynierii genetycznej i sposobu wykorzystania możliwości tkwiących w tej dziedzinie nauki, włączając w to rozważanie moralny aspekt działania w tym zakresie.

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Obdarzony regeneracyjnymi zdolnościami mutant przemierza kolejne lata szukając życiowego celu, zamiast tego odnajduje go wojsko.